SAT-Assembler: Bộ công cụ phân tích mở rộng và xác định chính xác mục tiêu cho dữ liệu máy giải trình tự thế hệ mới

Lắp ráp trình tự gen, nhằm ráp lại các đoạn trình tự ngắn hơn lại, là một trong những bước quan trọng trong việc phân tích dữ liệu của máy giải trình tự thế hệ mới. Thiếu bộ gen tham khảo có chất lượng, phân tích De novo sẽ là...

Giải trình tự hoàn thiện lục lạp của 5 loài Araliaceae

Tác giả: Rong Li, Peng-Fei Ma, Jun Wen mail, Ting-Shuang Yi Bối cảnh: Họ Sâm (Araliaceae) có nhiều loài có ý nghĩa kinh tế rất quan trọng. Những nghiên cứu phân loại tiến hóa trước đây xoay quanh ba nhánh chính trong họ Sâm, nhưng mối quan hệ giữa các loài...

Phương pháp phân tích gen và chức năng gen của nấm

Tác giả: Aguilar-Pontes MV, de Vries RP, Zhou M. Cho đến nay, hàng trăm bộ gen nấm đã được giải trình tự và một số lượng lớn vẫn đang được tiến hành. Sự phong phú của thông tin di truyền đã cung cấp những hướng đi mới để nghiên cứu...

Những bằng chứng về gene RIT1 trong hội chứng Noonan

Further evidence of the importance of RIT1 in Noonan syndrome Bertola DR1, Yamamoto GL, Almeida TF, Buscarilli M, Jorge AA, Malaquias AC, Kim CA, Takahashi VN, Passos-Bueno MR, Pereira AC. Tóm tắt: Hội chứng Noonan (NS) là sự rối loạn nhiễm sắc thể thường trội với những triệu chứng như...

Bio.Phylo: Một bộ công cụ thống nhất để xử lý, phân tích và vẽ cây phát sinh loài trong Biopyhon

Tác giả:  Eric Talevich, Brandon M Invergo, Peter JA Cock, Brad A Chapman Bối cảnh: Những tiến bộ trong khoa học nghiên cứu tiến hóa và hệ thống phát sinh loài trong sinh học được hỗ trợ song hành cùng với sự phát triển của các công cụ phần mềm, định dạng dữ liệu,...

Phản ứng của hệ động học vi sinh vật đối với sự nhiễm khuẩn của vật chủ

Dynamics of the Microbiota in Response to Host Infection Author(s): Clara Belzer, Georg K. Gerber, Guus Roeselers, Mary Delaney, Andrea DuBois, Qing Liu, Vera Belavusava, Vladimir Yeliseyev, Andres Houseman, Andrew Onderdonk, Colleen Cavanaugh, Lynn Bry Tóm tắt: Các nghiên cứu về vi sinh vật theo dòng thời gian đóng vai trò quan...

Lựa chọn phân loài và chức năng cộng đồng vi sinh vật có mặt trong rễ đậu tương

Taxonomical and functional microbial community selection in soybean rhizosphere. Mendes LW1, Kuramae EE2, Navarrete AA1, van Veen JA3, Tsai SM4. Thí nghiệm này đề cập đến sự chọn lọc quần thể vi sinh vật trong vùng rễ của đậu tương có mặt phần lớn ở vùng đất trồng đậu tương...

Metavir: công cụ so sánh metagenome virus và phân tích lắp ráp virome

Metavir 2: new tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis Author: Simon Roux12, Jeremy Tournayre12, Antoine Mahul3, Didier Debroas12 and François Enault12* Bối cảnh: Metagenomic, cơ sở dựa trên giải trình tự các gen biểu hiện tính chất đặc trưng loài, đó là cách tốt nhất để có sự đánh giá sâu sắc...

MAKER2: công cụ chú thích và quản lý dữ liệu bộ gen dành cho dữ liệu giải trình tự thế hệ mới

MAKER2: an annotation pipeline and genome-database management tool for second-generation genome projects Tác giả: Carson Holt12 and Mark Yandell1* Công nghệ giải trình tự thế hệ thứ hai tạo ra những thay đổi lớn về loại gen được giải trình tự và cách thức chúng được chú giải. Đây là...

Phân tích hệ phiên mã rễ của nhân sâm mỹ qua các thời kỳ sinh trưởng khác nhau

The root transcriptome for North American ginseng assembled and profiled across seasonal development. Wu D1, Austin RS, Zhou S, Brown D Bối cảnh: Nhân sâm trong đó có sâm Mỹ (Panax quinquefolius L.) là một trong những dược liệu phổ biến trên thế giới. Từ ngàn đời nay con người...