Bio.Phylo: Một bộ công cụ thống nhất để xử lý, phân tích và vẽ cây phát sinh loài trong Biopyhon

Tác giả:  Eric Talevich, Brandon M Invergo, Peter JA Cock, Brad A Chapman

Bối cảnh: Những tiến bộ trong khoa học nghiên cứu tiến hóa và hệ thống phát sinh loài trong sinh học được hỗ trợ song hành cùng với sự phát triển của các công cụ phần mềm, định dạng dữ liệu, các kỹ thuật phân tích và web server. Điều này cũng mang lại nhiều thách thức trong việc tích hợp dữ liệu về phát sinh loài và các dữ liệu sinh học có liên quan. Các dữ liệu này có định dạng rất phong phú và nhấn mạnh nhu cầu cần có một phần mềm có khả năng tái sử dụng để đọc, thao tác và biến đổi những thông tin này thành nhiều dạng khác nhau trong xây dựng quy trình tính toán.

Kết quả:

Talevich E. và đồng nghiệp đã xây dựng một thư viện Python tích hợp chặt chẽ với Biopython (một bộ công cụ mạnh mẽ trong tính toán sinh học) để làm việc với các dữ liệu phát sinh loài. Thư viện của họ, với tên là Bio.Phylo, có độ tương thích cao với các chuẩn, công cụ và thư viện đã có hiện tại; và có khả năng chuyển đổi các định dạng file thông thường của cây phát sinh loài, thực hiện cái thao tác xử lý và biến đổi cơ bản, gắn các chú giải và vẽ cây. Talevich E. và đồng nghiệp thống nhất các module để làm việc với các định dạng file chuẩn Newick, NEXUS và PhyXML bằng một API đơn giản và nhất quán, cung cấp một bộ công cụ chung độc lập với các nguồn dữ liệu.

Kết luận:

Bio.Phylo đã đáp ứng nhu cầu đang lớn dần của tin sinh học trong làm việc với các dữ liệu phát sinh loài không đồng nhất. Bằng cách tương thích với nhiều định dạng file khác nhau và tận dụng những tính năng sẵn có của Biopython, bộ thư viện này đã đơn giản hóa việc xây dựng quy trình trong nghiên cứu tiến hóa. Talevich E. và đồng nghiệp cũng cung cấp nhiều ví dụ để xây dựng cộng đồng sử dụng của dự án mã nguồn mở này. Bio.Phylo sẽ có sẵn khi cài đặt Biopython , hoặc có thể tải xuống ở http://biopython.org

Full Article