Metagenomics là một lĩnh vực khoa học nghiên cứu đa dạng sinh học bằng cách phân tích và hiểu các cộng đồng vi sinh vật (microbiome) trong môi trường tự nhiên hoặc trong các mẫu sinh học, như đất, nước, thực vật, động vật, con người và các môi trường khác. Nó liên quan đến việc phân tích DNA hoặc RNA của các vi khuẩn, virus, nấm và các sinh vật khác trong một mẫu, bao gồm cả những sinh vật chưa được mô tả trước đó.
Chuyên mục blog Metagenomics này cung cấp một loạt các bài viết liên quan tới Metagenomics, từ khái niệm cho tới các công cụ Tin sinh học được sử dụng để phân tích, cũng như các ưu nhược điểm của chúng.
Cơ sở dữ liệu Silva ribosomal RNA database
Giới thiệu về Silva ribosomal RNA database Cơ sở dữ liệu RNA ribosomal Silva là một nguồn tài nguyên quan trọng trong lĩnh vực sinh thái vi sinh vật và phân loại vi sinh vật. Nó cung cấp dữ liệu chuỗi RNA ribosomal được thu thập từ các hệ vi...
Th6
Metabarcoding là gì?
Metabarcoding là gì? Metabarcoding là một phương pháp khoa học được sử dụng để nghiên cứu đa dạng sinh học trong một mẫu môi trường bằng cách sử dụng chuỗi gen. Phương pháp này thường được áp dụng trong lĩnh vực sinh thái học môi trường và đa dạng sinh...
Th5
Best practice trong lấy mẫu metagenomics
Việc lấy mẫu là một bước quan trọng trong phân tích metagenomics, và có thể gặp phải một số vấn đề sau đây: Sự đa dạng của mẫu: Mẫu metagenomics có thể bao gồm nhiều loại vi sinh vật khác nhau, bao gồm cả vi khuẩn, nấm, vi rút và...
Th4
MetaPhlAn – công cụ phân tích shotgun metagenomics
MetaPhlAn được phát triển bởi Huttenhower Lab tại Đại học Harvard và miễn phí cho việc sử dụng học thuật và phi thương mại. MetaPhlAn là một công cụ Tin sinh học để phân tích hỗn hợp vi sinh vật (Bacteria, Archaea và Eukaryotes) từ dữ liệu đọc trình tự...
Th3
Shotgun metagenomics: hiểu rõ về hệ vi sinh vật
Giới thiệu Các cộng đồng vi sinh vật là những hệ sinh thái phức tạp và đa dạng đóng vai trò quan trọng trong nhiều khía cạnh của cuộc sống, từ việc duy trì sức khỏe cho đến đẩy mạnh quá trình sinh hóa địa hóa trong môi trường. Việc...
Th3
Phân tích 16S metagenomics với MOTHUR
Mothur là một phần mềm Tin sinh học miễn phí và mã nguồn mở được sử dụng trong phân tích dữ liệu 16S metagenomics. Nó cung cấp một loạt các công cụ và chức năng để thực hiện các bước khác nhau trong việc phân tích dữ liệu 16S metagenomics,...
Th2
Phân tích metagenomics với QIIME
Quy trình phân tích QIIME QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) là một pipeline Tin sinh học phổ biến để phân tích dữ liệu metagenomic. Đây là một phần mềm miễn phí và mã nguồn mở cung cấp một bộ công cụ toàn diện để thực hiện kiểm soát chất...
Th2
Pipeline phân tích 16S/ITS metagenomics phổ biến
Có nhiều pipeline được sử dụng để phân tích dữ liệu 16S/ITS metagenomics, tùy thuộc vào mục đích và tính năng của từng pipeline. Dưới đây là một số pipeline phổ biến được sử dụng nhiều trong phân tích 16S/ITS metagenomics: QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology): QIIME là một...
Th2
Best practices trong phân tích 16S/ITS metagenomics
Kiểm soát chất lượng dữ liệu đọc trình tự: Kiểm soát chất lượng là một bước cần thiết trong phân tích dữ liệu metagenomic 16S. Nó bao gồm lọc các read có chất lượng lượng thấp, loại bỏ các read có độ dài ngắn, cắt các chuỗi adapter và loại...
Th2
Những ứng dụng nổi trội của 16S amplicon sequencing?
16S amplicon sequencing là một công cụ quan trọng trong vi sinh học và đã được sử dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực khác nhau. Sau đây là những ứng dụng nổi trội của metagenomic 16S: Nghiên cứu vi sinh vật đồng sinh: 16S amplicon sequencing được sử dụng...
Th2
- 1
- 2
