Việc lấy mẫu là một bước quan trọng trong phân tích metagenomics, và có thể gặp phải một số vấn đề sau đây:
- Sự đa dạng của mẫu: Mẫu metagenomics có thể bao gồm nhiều loại vi sinh vật khác nhau, bao gồm cả vi khuẩn, nấm, vi rút và các loại vi sinh vật khác. Sự đa dạng này có thể ảnh hưởng đến chất lượng của dữ liệu metagenomics.
- Lựa chọn mẫu: Lựa chọn mẫu phù hợp là rất quan trọng để đảm bảo rằng dữ liệu metagenomics thu được là đại diện cho cộng đồng vi sinh vật của mẫu đó. Lựa chọn mẫu không đại diện có thể dẫn đến sai sót trong phân tích.
- Sự ô nhiễm môi trường: Sự ô nhiễm môi trường có thể ảnh hưởng đến chất lượng của dữ liệu metagenomics, bao gồm các loại ô nhiễm hóa học, vi sinh vật hoặc tế bào vi khuẩn.
- Khó khăn trong thu thập mẫu: Việc thu thập mẫu có thể gặp phải nhiều khó khăn, bao gồm địa hình khó đi, môi trường khắc nghiệt và các yếu tố khác. Điều này có thể ảnh hưởng đến chất lượng và độ đại diện của dữ liệu metagenomics.
- Biến động của cộng đồng vi sinh vật: Cộng đồng vi sinh vật trong một mẫu có thể thay đổi theo thời gian (từ lúc lấy mẫu ở hiện trường đến lúc phân tích trong phòng lab) hoặc do sự ảnh hưởng của các yếu tố bên ngoài (điều kiện môi trường khi lấy mẫu khác biệt với điều kiện môi trường ở lab). Điều này có thể làm cho dữ liệu metagenomics không đại diện cho trạng thái cộng đồng vi sinh vật trong một khoảng thời gian cụ thể.
Những vấn đề này cần được xem xét khi lấy mẫu metagenomics để đảm bảo rằng dữ liệu thu được là đáng tin cậy và đại diện cho cộng đồng vi sinh vật trong mẫu đó. Do đó, để giảm thiểu các sai số, sai biệt trong các dự án nghiên cứu metagenomics, các tổ chức và các nhóm nghiên cứu đưa ra các guideline nhằm giúp chuẩn hóa quá trình lấy mẫu cũng như phân tích dữ liệu. Những hướng dẫn này được thiết kế để đảm bảo rằng các phân tích là nhất quán, minh bạch và có thể tái sản xuất giữa các nhóm nghiên cứu khác nhau.
Một số hướng dẫn và thực hành tốt phổ biến cho phân tích metagenomics bao gồm:
- Tiêu chuẩn Thông tin Tối Thiểu về Nghiên cứu dựa trên Metagenome (MIxS-MIMARKS): Tiêu chuẩn này cung cấp hướng dẫn cho việc báo cáo các nghiên cứu metagenomic, bao gồm thông tin về thu thập mẫu, chuỗi và phân tích dữ liệu.
- Quy trình vận hành tiêu chuẩn Dự án Vi sinh vật Trái đất (EMP): Đây là một bộ thực hành tốt cho việc thu thập, xử lý và phân tích mẫu vi sinh vật môi trường.
- Sáng kiến Tiêu chuẩn Metagenomics (MSI): Đây là một nỗ lực được cộng đồng thúc đẩy để phát triển tiêu chuẩn cho phân tích dữ liệu metagenomics, bao gồm các khuyến nghị cho việc thu thập dữ liệu, kiểm soát chất lượng và phân tích thống kê.
- The Unified Microbiome Initiative (UMI) framework: Đây là một khung toàn diện để nghiên cứu cộng đồng vi sinh vật, bao gồm các khuyến nghị cho thiết kế thí nghiệm, xử lý mẫu và phân tích dữ liệu.
- The International Human Microbiome Standards (IHMS) project: Dự án này cung cấp hướng dẫn cho việc nghiên cứu vi sinh vật nhân loại, bao gồm các khuyến nghị cho thiết kế nghiên cứu, thu thập mẫu và phân tích dữ liệu.
Bằng cách tuân thủ những hướng dẫn và thực hành tốt này, các nhà nghiên cứu có thể đảm bảo rằng các phân tích metagenomics của họ đáng tin cậy, minh bạch và có thể tái sản xuất, điều này rất quan trọng để nâng cao hiểu biết của chúng ta về cộng đồng vi sinh vật và vai trò của chúng trong các hệ sinh thái khác nhau.
LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.
