Yêu cầu chất lượng và quy cách đóng gói mẫu để thực hiện giải trình tự NGS/Sanger

Yêu cầu chất lượng mẫu

Để kiểm tra chất lượng, mẫu cần được điện di trên gel + đo nồng độ và độ tinh sạch. Các yêu cầu cụ thể của từng loại mẫu cần đáp ứng như sau:

	Nồng độ DNA	Tổng thể tích	Chỉ số A260/280	Chỉ số DIN/RIN**	Gửi kèm primer*
Mẫu đọc whole genome	> 30 ng/μL	> 40 μL	> 1,7	DIN > 7,2	Không
Mẫu đọc 16S/18S/ITS	> 20 ng/μL	> 40 μL	> 1,7	DIN > 7,2	Không
Mẫu đọc Sanger	– Sản phẩm PCR: > 100 ng/μL – Genomic DNA (16S/18S/ITS full sequence): > 100 ng/μL – Plasmid: > 200 ng/μL	– Sản phẩm PCR: > 15 μL – Genomic DNA (16S/18S/ITS full sequence): > 100 μL – Plasmid: > 15 μL	> 1,7	DIN > 7,2	– Nồng độ: > 10 pmol/μL – Thể tích: > 6 μL/1 phản ứng
Mẫu RNA	> 40 ng/μL	> 50 μL	> 2,0	RIN > 6,3	Không

* Vui lòng liên hệ với chúng tôi để được tư vấn nếu quý khách chưa có primer

** DIN: DNA Integrity Number; RIN: RNA Integrity Number

Đánh giá chất lượng mẫu qua chỉ số DIN (DNA Integrity Number)

LƯU Ý: Phương pháp đo quang phổ UV dựa trên A260 có xu hướng đánh giá quá cao nồng độ DNA do sự hiện diện của RNA và các chất ô nhiễm khác thường thấy trong các mẫu gDNA. Do đó, cần kiểm tra chất lượng DNA bằng cách điện di trên gel. Điện di trên gel là một công cụ hiệu quả để tiết lộ tình trạng của DNA trong mẫu. Các tạp chất, chẳng hạn như các detergent hoặc protein, có thể được phát hiện nhờ các dải mờ (smear) quanh các vạch DNA. RNA thường có thể nhìn thấy ở dưới cùng của gel. Các vạch bậc thang hoặc dải mờ (smear) bên dưới một vạch DNA quan tâm có thể cho thấy sự đứt gãy hoặc các tổn thương khác đối với DNA.

Vui lòng tham khảo cách kiểm tra chỉ số RIN tại link sau: Methods to Check RNA Integrity

Hướng dẫn đóng gói mẫu

DNA cần được hòa tan trong dung dịch TE hoặc DW.
Mỗi mẫu DNA nên được bảo quản trong một ống eppendorf 1,5 mL. Tên mẫu được ghi rõ ở 2 vị trí: trên thân ống và trên nắp ống (tên mẫu ghi ngắn gọn, không dấu). Mỗi ống sau đó cần được bọc kín bằng parafilm.
Các ống 1,5 mL được bỏ vào ống Falcon 50 mL để thuận tiện cho việc vận chuyển. Khoảng trống nên được lấp đầy bằng giấy để hạn chế sự di chuyển của ống.

Danh sách Universal Primers

	Primer Name	Sequence	Base
1	AD-R	AGATGGTGCACGATGCACAG	20
2	Alphafor	CATTTTCCAACAGCACA	17
3	AOX1-F	GACTGGTTCCAATTGACAAGC	21
4	AOX1-R	GCAAATGGCATTCTGACATCC	21
5	BGH-R	TAGAAGGCACAGTCGAGG	18
6	CMV-F	CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG	21
7	DuetDown1	GATTATGCGGCCGTGTACAA	20
8	DuetUP2	TTGTACACGGCCGCATAATC	20
9	EBV-R	GTGGTTTGTCCAAACTCATC	20
10	EGFP-C	CATGGTCCTGCTGGAGTTCGTG	22
11	EGFP-CR	CGTCCATGCCGAGAGTG	17
12	EGFP-NR	CGTCGCCGTCCAGCTCGACCAG	22
13	GAL1-F	AATATACCTCTATACTTTAACGTC	24
14	Gal4AD	TACCACTACAATGGATG	17
15	GLprimer1	TGTATCTTATGGTACTGTAACTG	23
16	GLprimer2	CTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCA	23
17	HCO2198	TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA	26
18	LCO1490	GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG	25
19	M13F	GTAAAACGACGGCCAGT	17
20	M13F-pUC(-40)	GTTTTCCCAGTCACGAC	17
21	M13R	GCGGATAACAATTTCACACAGG	22
22	M13R-pUC(-40)	CAGGAAACAGCTATGAC	17
23	pBAD-F	ATGCCATAGCATTTTTATCCA	21
24	pBAD-R	GATTTAATCTGTATCAGG	18
25	pET-upstream	ATGCGTCCGGCGTAGAGG	18
26	pFastBac-F	GGATTATTCATACCGTCCCA	20
27	pFastBac-R	CAAATGTGGTATGGCTGATT	20
28	pGEX3	GGAGCTGCATGTGTCAGAGG	20
29	pGEX5	GGCAAGCCACGTTTGGTG	18
30	pJET1_2-F	CGACTCACTATAGGGAGAGCGGC	23
31	pJET1_2-R	AAGAACATCGATTTTCCATGGCAG	24
32	malE-F	CCCGAAAAGTGCCACCTG	18
33	pQE-F	GTTCTGAGGTCATTACTGG	18
34	pQE-R	CTAGCAAAATAGGCTGTCCC	19
35	RVprimer3	GACGATAGTCATGCCCCGCG	20
36	RVprimer4	ATTTAGGTGACACTATAG	20
37	SP6	GAAATTTGTGATGCTATTGC	18
38	SV40-pAR	CCTCTACAAATGTGGTATGG	20
39	pE_C-R	ATTAACCCTCACTAAAG	20
40	T3	AATACGACTCACTATAG	17
41	T7	TAATACGACTCACTATAGGG	17
42	T7promoter	GCTAGTTATTGCTCAGCGG	20
43	T7terminator	CAGTGCAGGGGAAAGAATAGTAGAC	19
44	U6	AAGGGTCTTGCGAAGGATAG	25
45	35S-A	AGTGGAAAAGGAAGGTGGCT	20
46	35S-B	AGAGTTTGATCMTGGCTCAG	20
47	27F	GACTCCTACGGGAGGCWGCAG	20
48	337F	CCAGCAGCCGCGGTAATACG	21
49	518F	GGATTAGATACCCTGGTA	20
50	785F	TACCAGGGTATCTAATCC	18
51	800R	CCGTCAATTCMTTTRAGTTT	18
52	907R	GGGTTGCGCTCGTTG	20
53	1100R	TACGGYTACCTTGTTACGACTT	15
54	1492R	GTAGTCATATGCTTGTCTC	22
55	NS1	TCCGCAGGTTCACCTACGGA	19
56	NS8	AAACCTTGTTACGACTTTTA	20
57	NS24	ACCCGCTGAACTTAAGC	20
58	LR0R	TACTACCACCAAGATCT	17
59	LR7	TCCGTAGGTGAACCTGCGG	17
60	ITS1	GCTGCGTTCTTCATCGATGC	19
61	ITS2	GCATCGATGAAGAACGCAGC	20
62	ITS3	TCCTCCGCTTATTGATATGC	20
63	ITS4	GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG	20

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM: Best practice trong lấy mẫu metagenomics

ĐỌC THÊM: Tập hợp các công cụ mã nguồn mở để khai thác dữ liệu khối phổ