Yêu cầu chất lượng và quy cách đóng gói mẫu để thực hiện giải trình tự NGS/Sanger

Yêu cầu chất lượng mẫu

Để kiểm tra chất lượng, mẫu cần được điện di trên gel + đo nồng độ và độ tinh sạch. Các yêu cầu cụ thể của từng loại mẫu cần đáp ứng như sau:

	Mẫu đọc whole genome	Mẫu đọc 16S/18S/ITS	Mẫu đọc Sanger	Mẫu RNA
Nồng độ DNA	> 30 ng/μL	> 20 ng/μL	– Sản phẩm PCR: > 100 ng/μL – Genomic DNA (16S/18S/ITS full sequence): > 100 ng/μL – Plasmid: > 200 ng/μL	> 40 ng/μL
Tổng thể tích	> 40 μL	> 40 μL	– Sản phẩm PCR: > 15 μL – Genomic DNA (16S/18S/ITS full sequence): > 100 μL – Plasmid: > 15 μL	> 50 μL
Chỉ số A260/280	> 1,7	> 1,7	> 1,7	> 2,0
Chỉ số DIN hoặc RIN**	DIN > 7,2	DIN > 7,2	DIN > 7,2	RIN > 6,3
Gửi kèm primer*	Không	Không	– Nồng độ: > 10 pmol/μL – Thể tích: > 6 μL/1 phản ứng	Không

* Vui lòng liên hệ với chúng tôi để được tư vấn nếu quý khách chưa có primer

** DIN: DNA Integrity Number; RIN: RNA Integrity Number

Đánh giá chất lượng mẫu qua chỉ số DIN (DNA Integrity Number)

LƯU Ý: Phương pháp đo quang phổ UV dựa trên A260 có xu hướng đánh giá quá cao nồng độ DNA do sự hiện diện của RNA và các chất ô nhiễm khác thường thấy trong các mẫu gDNA. Do đó, cần kiểm tra chất lượng DNA bằng cách điện di trên gel. Điện di trên gel là một công cụ hiệu quả để tiết lộ tình trạng của DNA trong mẫu. Các tạp chất, chẳng hạn như các detergent hoặc protein, có thể được phát hiện nhờ các dải mờ (smear) quanh các vạch DNA. RNA thường có thể nhìn thấy ở dưới cùng của gel. Các vạch bậc thang hoặc dải mờ (smear) bên dưới một vạch DNA quan tâm có thể cho thấy sự đứt gãy hoặc các tổn thương khác đối với DNA.

Vui lòng tham khảo cách kiểm tra chỉ số RIN tại link sau: Methods to Check RNA Integrity

Hướng dẫn đóng gói mẫu

DNA cần được hòa tan trong dung dịch TE hoặc DW.
Mỗi mẫu DNA nên được bảo quản trong một ống eppendorf 1,5 mL. Tên mẫu được ghi rõ ở 2 vị trí: trên thân ống và trên nắp ống (tên mẫu ghi ngắn gọn, không dấu). Mỗi ống sau đó cần được bọc kín bằng parafilm.
Các ống 1,5 mL được bỏ vào ống Falcon 50 mL để thuận tiện cho việc vận chuyển. Khoảng trống nên được lấp đầy bằng giấy để hạn chế sự di chuyển của ống.

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM: Giới thiệu về hệ thống phân tích Galaxy

ĐỌC THÊM: Khác biệt giữa Dự đoán gen và Chú giải gen khi lập bản đồ gen