Giới thiệu phần mềm dự đoán và chú giải cấu trúc gene: MAKER

MAKER là phần mềm có chức năng dự đoán và chú giải cấu trúc gen. Mục tiêu chính của phần mềm này là ứng dụng trên các hệ gen có kích thước nhỏ, bao gồm cả eukaryote và prokaryotic, từ đó có thể xây dựng lên cơ sở dữ liệu hệ gen đích. Đầu tiên MAKER xác định các vùng lặp lại, gióng hàng các EST, các proteins (evidence-based) trên hệ gen cần dự đoán.

Sau đó thực hiện dự đoán gen bằng phương pháp ab-intio và tự động tổng hợp các dự liệu bao gồm evidence based và ab-initio để dự đoán và chú giải cấu trúc gen của hệ gen đó. Kết quả dự đoán lần trước có thể sử dụng cho những lần reannotation tiếp theo nhằm nâng cao chính xác. Kết quả dự đoán gen từ MAKER có thể tải trực tiếp lên cơ sở dữ liệu của GMOD, hoặc cũng có thể quan sát được thông qua phần mềm Apollo genome browser. MAKER là bộ công cụ rất có ý nghĩa trong việc lắp ghép nhiều mô hình dự đoán gen của một loài trở thành một mô hình duy nhất mà không cần có quá nhiều kinh nghiệm về tin sinh học và tài nguyên tính toán.

Kết quả được view bằng phần mềm Apollo

Tham khảo: http://www.yandell-lab.org/software/maker.html

{fcomment}