Giới thiệu phần mềm dự đoán và chú giải cấu trúc gene: MAKER

MAKER là phần mềm có chức năng dự đoán và chú giải cấu trúc gen. Mục tiêu chính của phần mềm này là ứng dụng trên các hệ gen có kích thước nhỏ, bao gồm cả eukaryote và prokaryotic, từ đó có thể xây dựng lên cơ sở dữ liệu hệ gen đích. Đầu tiên MAKER xác định các vùng lặp lại, gióng hàng các EST, các proteins (evidence-based) trên hệ gen cần dự đoán.

Sau đó thực hiện dự đoán gen bằng phương pháp ab-intio và tự động tổng hợp các dự liệu bao gồm evidence based và ab-initio để dự đoán và chú giải cấu trúc gen của hệ gen đó. Kết quả dự đoán lần trước có thể sử dụng cho những lần reannotation tiếp theo nhằm nâng cao chính xác. Kết quả dự đoán gen từ MAKER có thể tải trực tiếp lên cơ sở dữ liệu của GMOD, hoặc cũng có thể quan sát được thông qua phần mềm Apollo genome browser. MAKER là bộ công cụ rất có ý nghĩa trong việc lắp ghép nhiều mô hình dự đoán gen của một loài trở thành một mô hình duy nhất mà không cần có quá nhiều kinh nghiệm về tin sinh học và tài nguyên tính toán.

2015-03-15-full

 

Kết quả được view bằng phần mềm Apollo

Tham khảo: http://www.yandell-lab.org/software/maker.html

{fcomment}

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Lắp ráp de novo hệ phiên mã Themira biloba (Sepsidae: Diptera) sử dụng k-mer có độ dài khác nhau
ĐỌC THÊM:  Giải trình tự Exome (WES) - Công cụ hữu ích trong di truyền y học

Để lại một bình luận

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *