fbpx

MetaPhlAn – công cụ phân tích shotgun metagenomics

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Các nhà nghiên cứu thành lập bộ tiêu chuẩn về kiểu gene của con người đối với việc giải trình tự hệ gene

MetaPhlAn được phát triển bởi Huttenhower Lab tại Đại học Harvard và miễn phí cho việc sử dụng học thuật và phi thương mại.

MetaPhlAn là một công cụ Tin sinh học để phân tích hỗn hợp vi sinh vật (Bacteria, Archaea và Eukaryotes) từ dữ liệu đọc trình tự shotgun metagenomic (không phải 16S) với độ chính xác ở mức loài. Với StrainPhlAn, việc phân tích vi sinh vật ở mức độ chủng đạt được mức độ chính xác cao. MetaPhlAn 4 dựa trên khoảng ~5.1 triệu unique clade-specific marker genes cho mỗi nhóm vi khuẩn được xác định từ ~1 triệu genome vi khuẩn (~236.600 tham chiếu và 771.500 genom lắp ráp từ mẫu vi sinh vật) bao gồm 26.970 nhóm genom ở mức độ loài (SGBs, http://segatalab.cibio.unitn.it/data/Pasolli_et_al.html), trong đó có 4.992 nhóm không được xác định đến mức loài (thông tin gene đánh dấu mới nhất có thể được tìm thấy tại đây), cho phép:

  • gán phân loại vi sinh vật một cách rõ ràng
  • đánh giá chính xác tỷ lệ tương đối của các loài
  • phân loại ở mức độ SGBs cho vi khuẩn, Archaea và Eukaryotes
  • xác định và theo dõi các chủng vi khuẩn
  • tăng tốc độ xử lý so với các phương pháp hiện có.
  • cung cấp thông tin về di truyền dân số ở mức độ chủng vi sinh vật.

MetaPhlAn sử dụng một phương pháp độc đáo để xác định thành phần vi sinh vật của mẫu, dựa trên các mẫu của các đoạn DNA phù hợp với các gen đánh dấu cụ thể trong cơ sở dữ liệu tham chiếu. MetaPhlAn có thể xác định thành phần phân loại của cộng đồng vi sinh vật ở các cấp độ khác nhau, từ loài (species) đến ngành (phylum), với độ chính xác và độ nhạy cao.

ĐỌC THÊM:  Tổng kết Webinar 01 | Metagenomics: xu thế, thuận lợi và khó khăn

MetaPhlAn có một số ưu điểm so với các công cụ phân tích phân loại khác. Nó có tốc độ xử lý nhanh và có thể phân tích các bộ dữ liệu lớn trong vài giờ, ngay cả trên một máy tính xách tay thông thường. Nó cũng yêu cầu ít tài nguyên tính toán và có thể dễ dàng tích hợp vào quy trình làm việc hiện có.

Ngoài ra, MetaPhlAn cực kỳ linh hoạt và có thể được sử dụng để phân tích một loạt các mẫu, bao gồm vi sinh động vật, môi trường và đường tiêu hóa của con người. Nó đã được sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu vi sinh vật và đã đóng góp rất nhiều trong các khám phá mới.

Tóm gọn lại, MetaPhlAn là một công cụ mạnh mẽ và dễ sử dụng để phân tích phân loại các cộng đồng vi sinh vật, với nhiều ưu điểm hơn so với các phương pháp khác. Khả năng xác định độ chính xác và hiệu quả của nó để xác định thành phần vi khuẩn của một mẫu, khiến nó trở thành một công cụ cần thiết cho các nhà nghiên cứu nghiên cứu về vi sinh thực vật trong các lĩnh vực khác nhau.

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  EBI metagenomic một giải pháp cho lưu trữ và phân tích dữ liệu metagenomic

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *