Metagenomics: Chọn V1V2 hay V3V4?

Sau khi đăng bài Phân tích metagenomics: 16S, 18S, ITS hay shotgun?, chúng tôi tiếp tục nhận được câu hỏi: Nên chọn V1V2 hay V3V4 cho nghiên cứu metagenomics?

Như các bạn đã biết, 16S rRNA được sử dụng để phân tích đa dạng của các loài vi khuẩn hoặc vi khuẩn cổ trong mẫu môi trường. Trình tự gen 16 rRNA bao gồm 9 vùng biến đổi (V1-V9) và 10 vùng bảo tồn, trình tự vùng bảo tồn phản ánh mối quan hệ di truyền giữa các loài, trong khi trình tự vùng biến đổi phản ánh sự khác biệt giữa các loài. Trong 9 vùng V1-V9 đó, chúng ta nên sử dụng vùng nào để đạt hiệu quả tối ưu trong nghiên cứu metagenomics?

Năm 2019, TS. Philipp Rausch công bố nghiên cứu đánh giá so sánh giữa phương pháp nghiên cứu metagenomics sử dụng V1V2, V3V4 và Shotgun (Link). Theo đó, TS. Philipp thu thập 9 mẫu từ nguồn động vật và 1 mẫu từ thực vật (dùng để làm outgroup). Với mỗi mẫu, tác giả áp dụng phân tích V1V2-onestep, V1V2-twostep, V3V4-onestep, V3V4-twostep,  và shotgun (onestep và twostep tương ứng với one-step và two-step PCR protocol). Kết quả cho thấy, V3V4-onestep cho kết quả phân tích tốt nhất với hầu hết các tiêu chí như Taxonomic diversity within and between hosts, Functional diversity within and between hosts, Indicator functions, …

Từ kinh nghiệm thực tế của LOBI Vietnam, bên cạnh lợi thế về phân tích, V3V4 còn có lợi thế về chi phí khi đọc trình tự với giá thấp hơn đáng kể. Các bạn quan tâm, vui lòng để lại thông tin hoặc liên hệ hotline.

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *