Metabarcoding là gì?
Metabarcoding là một phương pháp khoa học được sử dụng để nghiên cứu đa dạng sinh học trong một mẫu môi trường bằng cách sử dụng chuỗi gen. Phương pháp này thường được áp dụng trong lĩnh vực sinh thái học môi trường và đa dạng sinh học.
Trong metabarcoding, chuỗi gen được chọn làm chỉ báo để xác định đa dạng sinh học của một mẫu môi trường. Thông thường, chuỗi gen được chọn là một vùng nhất định của ADN hoặc ARN, như chuỗi gen ribosomal RNA (rRNA) hoặc chuỗi gen tiếp xúc nội bào (ITS). Chuỗi gen này được sao chép nhiều lần bằng phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction) và sau đó được xác định bằng phương pháp sequencing.
Sau khi xác định chuỗi gen, dữ liệu sequenced được phân tích và so sánh với cơ sở dữ liệu gen để xác định các loài có mặt trong mẫu môi trường. Qua đó, metabarcoding cho phép nhận biết đa dạng sinh học của các vi khuẩn, nấm, động vật, thực vật và các hệ sinh thái khác có trong môi trường nghiên cứu.
Phương pháp metabarcoding có nhiều ứng dụng trong lĩnh vực nghiên cứu sinh thái và môi trường, từ nghiên cứu đa dạng sinh học của một khu vực, xác định các loài có hại trong môi trường, đánh giá tác động của biến đổi khí hậu đến đa dạng sinh học và theo dõi sự thay đổi của các cộng đồng sinh vật trong thời gian.
Metabarcoding giống và khác gì với 16S và ITS metagenomics?
Metabarcoding, 16S metagenomics và ITS metagenomics đều là các phương pháp trong lĩnh vực nghiên cứu đa dạng sinh học môi trường, nhưng chúng có những điểm giống nhau và khác nhau như sau:
Giống nhau:
- Mục tiêu chung: Cả metabarcoding, 16S metagenomics và ITS metagenomics đều nhằm mục đích xác định và phân tích đa dạng sinh học của các cộng đồng vi sinh vật hoặc sinh vật trong một mẫu môi trường.
- Sử dụng chuỗi gen như chỉ báo: Cả ba phương pháp đều dựa trên việc xác định và phân tích chuỗi gen như là chỉ báo để nhận biết và phân loại các loài trong mẫu môi trường.
- Phụ thuộc vào phương pháp sequencing: Cả metabarcoding, 16S metagenomics và ITS metagenomics đều sử dụng phương pháp sequencing để xác định chuỗi gen và thu thập dữ liệu genetic.
Khác nhau:
- Vùng chuỗi gen được sử dụng: Metabarcoding sử dụng các vùng chuỗi gen nhất định như chuỗi gen ribosomal RNA (rRNA) hoặc chuỗi gen tiếp xúc nội bào (ITS). Trong khi đó, 16S metagenomics tập trung vào vùng chuỗi gen 16S ribosomal RNA, và ITS metagenomics tập trung vào vùng chuỗi gen Internal Transcribed Spacer (ITS) của gen ribosomal RNA.
- Ứng dụng và phạm vi nghiên cứu: Metabarcoding thường được sử dụng để nghiên cứu đa dạng sinh học trong các cộng đồng vi sinh vật và sinh vật toàn diện trong môi trường. 16S metagenomics tập trung vào vi sinh vật, chủ yếu là vi khuẩn, trong khi ITS metagenomics tập trung vào các loại nấm và thực vật.
- Độ phân giải và cấp độ phân loại: Metabarcoding có độ phân giải cao, cho phép xác định đa dạng sinh học ở mức cấp độ loài hoặc phân bố. Trong khi đó, 16S metagenomics và ITS metagenomics cũng có độ phân giải cao, nhưng thường chỉ cho phép phân loại ở mức cấp độ cao hơn như họ hoặc bộ.
Tóm lại, metabarcoding, 16S metagenomics và ITS metagenomics là các phương pháp xác định và phân tích đa dạng sinh học trong môi trường, với mục tiêu chung nhưng sử dụng vùng chuỗi gen và tập trung vào các nhóm sinh vật khác nhau, với độ phân giải và cấp độ phân loại có thể khác nhau.
LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.
