Tổng quan / Overview

Khóa học này giới thiệu cơ sở và nền tảng của sinh học tính toán với các bài toàn cơ bản và đặc trưng của nó. Khóa học tập trung vào các nền tảng và các phương pháp cho việc phân tích bắt cặp trình tự (sequence alignment), đối sánh trình tự (sequence comparison) và tìm cấu trúc đặc trưng (motif finding). Song song đó, bên cạnh các hướng nghiên cứu như mô phỏng và dự đoán cấu trúc protein (structural analysis), DNA microarray và kỹ thuật phân cụm (clustering), … khóa học cũng thảo luận về các xu hướng nghiên cứu  tin sinh học mới và đang phát triển mạnh mẽ như metagenomics, system biology.

Tổng quan / Overview

Khóa học này giới thiệu cơ sở và nền tảng của sinh học tính toán với các bài toàn cơ bản và đặc trưng của nó. Khóa học tập trung vào các nền tảng và các phương pháp cho việc phân tích bắt cặp trình tự (sequence alignment), đối sánh trình tự (sequence comparison) và tìm cấu trúc đặc trưng (motif finding). Song song đó, bên cạnh các hướng nghiên cứu như mô phỏng và dự đoán cấu trúc protein (structural analysis), DNA microarray và kỹ thuật phân cụm (clustering), … khóa học cũng thảo luận về các xu hướng nghiên cứu  tin sinh học mới và đang phát triển mạnh mẽ như metagenomics, system biology.

Ngoài ra, để hỗ trợ học viên trong việc nắm bắt các kiến thức mới, khóa học cũng cung cấp kiến thức cơ bản về sinh học và các kỹ thuật lập trình Python, đây là ngôn ngữ lập trình phổ dụng trong Tin-Sinh học.

Nội dung khóa học dành cho các sinh viên sau đại học, các nghiên cứu viên với nền tảng kiến thức tốt về khoa học máy tính và một chút về sinh học phân tử.

Điều kiện tiên quyết / Prerequisites

Học viên cần có kiến thức nền tảng về cấu trúc dữ liệu và giải thuật, và thông thạo ít nhất một ngôn ngữ lập trình. Biết lập trình với ngôn ngữ Python là lợi điểm. Ngoài ra, các học viên cần nắm được một số kiến thức cơ bản về sinh học phân tử và sinh hóa, nhưng không bắt buộc.

Tổ chức lớp học / Structure of Class

–          Lý thuyết:            20

–          Thảo luận:           4

–          Tổng số tiết:       24

Nội dung môn học / Content of Class

1. Giới thiệu so sánh trình tự và lập trình tin sinh học
2. Bắt cặp nhiều trình tự (p1) (Multiple Sequence Alignments)
3. Bắt cặp nhiều trình tự  (p2)
4. Phân tích hệ phát sinh loài (Phylogenetic)
5. Giải trình tự Genome và phân tích trình tự DNA
6. Đối sánh và bắt cặp trình tự DNA
7. Tìm và mô phỏng DNA motif
8. Mô hình Markov và Markov ẩn cho trình tự DNA
9. Sự tiến hóa trình tự DNA

Bài tập / Homework

Các bài tập với các chủ đề Phân tích trình tự DNA, bắt cặp trình tự, tìm motif, … sẽ giúp học viên hiểu sâu hơn về các thuật toán được thảo luận trên lớp và cung cấp các kinh nghiệm thực tế với các công cụ tin sinh học có sẵn. Học viên có thể thảo luận, trao đổi về bài tập nhưng không được sao chép của nhau.

Đánh giá / Grading

–          Chuyên cần:                       5%

–          Bốn bài tập:                        35%

–          Kiểm tra giữa kỳ:              25%

–          Kiểm tra cuối kỳ:               35%

Giáo trình / Textbooks

Các giáo trình tham khảo. Học viên sẽ được cung cấp bản điện tử của các giáo trình.

Sách về Tin Sinh học

Mount, David W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. ISBN: 9780879695972.

Sách về Sinh học Phân tử

Watson, James, Tania Baker, Stephen Bell, Alexander Gann, Michael Levine, and Richard Losick. Molecular Biology of the Gene. 5th ed. San Francisco, CA: Benjamin Cummings, 2003. ISBN: 9780805346350.

Giảng viên / Lecturer

TS. Nguyễn Cường

Viện Công nghệ Thông tin, Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam. 18, Hoàng Quốc Việt, Cầu giấy, Hà Nội.

{fcomment}