MAKER2: an annotation pipeline and genome-database management tool for second-generation genome projects

Tác giả: Carson Holt¹² and Mark Yandell^1*

Công nghệ giải trình tự thế hệ thứ hai tạo ra những thay đổi lớn về loại gen được giải trình tự và cách thức chúng được chú giải. Đây là cơ hội cũng đồng thời là thách thức cho lĩnh vực nghiên cứu hệ gen. Sự phát triển trong lắp ráp hệ gen và sử dụng rộng rãi dữ liệu trình tự mRNA cũng tạo ra cơ hội để cập nhật và chú thích lại những bộ gen đã công bố trước đó. Do đó, các dự án chú thích hệ gen ngày nay cần một công cụ chú thích mới đáp ứng được nhu cầu và thách thức của công nghệ giải trình tự thế hệ mới.

Chúng tôi giới thiệu MAKER2, một công cụ chú thích và quản lý dữ liệu hệ gen được thiết kế dành cho dữ liệu của thiết bị giải trình tự công nghệ mới.. MAKER2 là công cụ đa luồng, có thể xử lý đồng thời nhiều dữ liệu với bất kỳ kích thước nào. Chúng tôi thấy rằng MAKER2 có thể chú thích chính xác các bộ gen mới dù chất lượng dữ liệu thấp. Công cụ cũng cung cấp một phương tiện hữu ích để sử dụng dữ liệu mRNA để cải thiện chất lượng chú thích và có thể sử dụng dữ liệu để cập nhật những kết quả chú thích có sẵn.

Nguồn: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/491