SNP discovery from transcriptome of the swimbladder of Takifugu rubripes
Cui J1, Wang H1, Liu S2, Zhu L3, Qiu X1, Jiang Z1, Wang X1, Liu Z2
Tóm lược: Đa hình đơn nucleotide (SNP) đã trở thành một dấu chuẩn quan trọng trong các nghiên cứu ở quy mô hệ gen ở rất nhiều loài sinh vật. Giải trình tự thông lượng cao RNA được phát triển nhằm ưu tiên trước mắt cho việc phân tích biểu hiện gen, bên cạnh đó phương pháp này cũng là một cách hữu hiệu để khám phá các SNP từ các gen đã biểu hiện. Trong nghiên cứu này, các nhà khoa học đã giải trình tự hệ phiên mã trong cơ quan bóng bơi của cá nóc Takifugu rubripes bằng máy giải trình tự HiSeq2000 nhằm phát hiện các SNP gắn liền với các gen trong bóng bơi của loài cá này.Tổng số 62270 SNP được phát hiện nằm trong 11306 gen biểu hiện và 2246 scaffolds. Tần số xuất hiện của các SNP là 0.26. Các nhà khoa học cũng xây dựng 2 bản đồ KEGG và GO (gene ontology) để phân tích đặc điểm các gen có xuất hiện SNP. Việc kiểm chứng các SNP vừa tìm được cũng cho kết quả 54% SNP (26/48) là SNP thực sự. Các kết quả trên giúp khẳng định giải trình tự RNA là một phương pháp hữu hiệu với chi phí thấp cho hướng nghiên cứu phát hiện SNP trong gen. Trong kết quả có một số lượng lớn SNP được kiểm chứng và dữ liệu này sẽ là nguồn nguyên liệu quý giá cho những nghiên cứu tiếp theo về di truyền quần thể, tiến hóa cũng như các phân tích sâu hơn ở mức độ hệ gen.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24651578
LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.
