Đánh giá sự đa dạng và phân cụm 16S rRNA metagome sử dụng locality sensitive hashing

16S Rrna Metagenome Clustering And Diversity Estimation Using Locality Sensitive Hashing

Zeehasham Rasheed^*, Huzefa Rangwala^* and Daniel Barbará

Tóm tắt

Tổng quan: Những tiến bộ trong công nghệ sinh học đã làm thay đổi phương pháp xác định những đặc điểm một số lượng lớn các loài trong quần thể vi sinh vật tồn tại hầu hết các môi trường. Trình tự “Metagenome” liên quan đến quá trình giải mã DNA của sinh vật cùng tồn tại trong các môi trường khác nhau như trong môi trường biển, môi trường đất và trong cơ thể người. Một số nhà nghiên cứu rất chú ý tới metagenomics, bởi vì thông các nghiên cứu này cho phép chúng ta hiểu rõ ràng hơn về sự đa dạng và phức tạp sinh học của một số loại môi trường. Trong y học metagenomics cũng được áp dụng để xác định vai trò của các quần thể vi sinh vật tồn tại trong cơ thể người có liên quan đến sức khỏe và khả năng gây bệnh ở người.

Kết quả: Chúng tôi đã phát triển thuật toán đánh giá khả năng ảnh hưởng, mức độ đa dạng loài sử dụng phương pháp locality sensitive hashing (LSH). Với phương pháp so sánh xấp xỉ cặp trình tự sử dụng hashing, kết hợp với cố định độ dài, và tiêu chí gapless subsequences từ đó nâng cao chất lượng so sánh trình tự của thuật toán.

Kết luận: Đánh giá thuật toán dựa trên các mẫu tổng hợp và 8 mẫu metagenomics 16S rRNA được thu thập từ nước biển. Chúng tôi so sánh thuật toán của chúng tôi với một số thuật toán có chức năng tương tự. Phương pháp tiếp cận của chúng tôi có ưu thế về thời gian tính toán và xác định OTU. Thuật toán của chúng tôi còn cho thấy ý nghĩa thực tế khi so sánh sự đa dạng và cấu trúc của vi khuẩn tại các vị trí khác nhau trên da.

http://www.biomedcentral.com/1752-0509/7/S4/S11

{fcomment}