fbpx

FAQ | Giải trình tự RNA – RNA-seq

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  MAKER2: công cụ chú thích và quản lý dữ liệu bộ gen dành cho dữ liệu giải trình tự thế hệ mới

RNA-Seq là gì?

RNAseq (RNA sequencing) là phương pháp phân tích toàn bộ các loại RNA có trong một mẫu bằng cách sử dụng kỹ thuật đọc trình tự thế hệ mới NGS. Kỹ thuật này cho phép xác định chuỗi nucleotide của các phân tử RNA trong mẫu, từ đó có thể phân tích biểu hiện gen, tìm kiếm các biến thể gen, phát hiện tế bào ung thư và các bệnh liên quan đến sự thay đổi gen, và nghiên cứu cấu trúc của các loại RNA khác nhau.

Trong RNAseq, RNA được trích xuất từ mẫu, được chuyển đổi thành các đoạn cDNA và sau đó được sequencing bằng các kỹ thuật hiện đại như Illumina NGS. Dữ liệu sequencing được xử lý và phân tích để xác định số lượng và biểu hiện của các loại RNA khác nhau trong mẫu.

RNAseq là một công cụ quan trọng trong nghiên cứu sinh học phân tử, giúp giải mã các quá trình di truyền và biểu hiện gen trong các tế bào và mô trong cơ thể.

Những loại nguyên liệu đầu vào nào được chấp nhận?

Mẫu RNA tổng số được khuyên dùng. Ngoài ra, LOBI cũng chấp nhận các mẫu cDNA hoặc mẫu mô được bảo quản trong khối nến FFPE. Anh/Chị để lại lời nhắn Ở ĐÂY, chúng tôi sẽ tư vấn cụ thể hơn.

Có cách nào để chuyển mẫu RNA tổng số không?

Có. LOBI đã làm việc với các hãng cung cấp dịch vụ đọc trình tự và thống nhất được ống bảo quản mẫu RNA tổng số (RNA stable tube). Do đó, anh/chị sẽ không cần phải thực hiện bước chuyển RNA sang cDNA nữa. Nếu có thêm câu hỏi, Anh/Chị để lại thông tin tại đây, chúng tôi sẽ trả lời nhanh nhất có thể.

ĐỌC THÊM:  Phân tích phát sinh loài và so sánh trình tự của vi khuẩn sinh Alpha Amylase bền nhiệt thuộc các giới Archea, Prokaryotes và Eukaryotes

Tôi cần bao nhiêu read cho dự án của mình?

Số read cần thiết phụ thuộc vào kích thước bộ gen, số lượng gen đã biết và các bản sao. Nói chung, chúng tôi khuyến nghị 5-10 triệu read mỗi mẫu đối với bộ gen nhỏ (ví dụ như vi khuẩn) và 20-40 triệu read trên mỗi mẫu đối với bộ gen lớn (ví dụ như người, chuột). Bộ gen trung bình thường phụ thuộc vào dự án, nhưng chúng tôi thường đề xuất từ ​​10-20 triệu read cho mỗi mẫu. Đối với các dự án lắp ráp de novo transcriptome, chúng tôi khuyên bạn nên đọc 100 triệu read cho mỗi mẫu.

Công nghệ giải trình tự nào thường được sử dụng cho RNA-Seq?

Standard, Strand-Specific, Single-Cell, Small, and Ultra-Low Input RNA-Seq sử dụng giải trình tự đoạn ngắn trên các nền tảng của Illumina®, chẳng hạn như NovaSeq và HiSeq.

Tôi có thể phân tích small RNA hoặc miRNA không?

Có, chúng tôi có thể chuẩn bị thư viện small RNA, IncRNA hoặc CircRNA. Một lựa chọn khác là sử dụng cả hai thư viện Inc và small RNA hoặc cả 3 thư viện IncRNA, smallRNA và circlRNA cho các dự án Whole Transcriptome Sequencing .

Giá cho dịch vụ RNA-Seq là bao nhiêu?

Chi phí đọc trình tự RNA-seq phụ thuộc vào các yếu tố như số mẫu cho một lần đọc, số lượng read mong muốn, … do đó, để có thông tin giá chính xác, vui lòng để lại thông tin tại đây, chúng tôi sẽ trả lời nhanh nhất có thể.

Dữ liệu của tôi sẽ được chuyển giao như thế nào?

LOBI cung cấp link tải dữ liệu trực tuyến. Đối với dữ liệu có dung lượng lớn (>20Gb), chúng tôi hỗ trợ copy qua USB hoặc ổ cứng nếu có yêu cầu. Dữ liệu của bạn sẽ được lưu trữ miễn phí trên server của chúng tôi trong 3 tháng.

Tôi nên chuẩn bị và gửi mẫu như thế nào?

Vui lòng tham khảo hướng dẫn của chúng tôi về yêu cầu chất lượng và quy cách đóng gói mẫu tại đây.

Điều gì sẽ xảy ra nếu các mẫu của tôi không đạt khi thực hiện QC trước khi giải trình tự?

Theo quy trình 7 bước, mẫu RNA của bạn sẽ được đánh giá chất lượng trước khi thực hiện tạo thư viện và đọc trình tự. Sẽ có 3 trường hợp sau khi đánh giá chất lượng: FAIL, HOLD và PASS. Trong trường hợp thư viện không đạt chất lượng (FAIL/HOLD), khách hàng có thể gửi lại mẫu kèm theo một khoản phụ phí cho việc QC và vận chuyển mẫu.

Tôi có thể theo dõi tiến độ dự án của mình bằng cách nào?

LOBI sẽ cập nhập tiến độ dự án của bạn qua email.

LOBI bảo quản mẫu trong bao lâu?

Toàn bộ mẫu sẽ được gửi đi và sử dụng cho việc giải trình tự. Do đó, mẫu sinh học sẽ không còn sau quá trình đọc trình tự. Về dữ liệu giải trình tự thì sẽ được chúng tôi lưu giữ trong vòng 3 tháng.

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Sử dụng Galaxy để thực hiện phân tích dữ liệu trên quy mô lớn

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *