Dịch vụ phân tích dữ liệu giải trình tự thế hệ mới (NGS)

Dịch vụ phân tích dữ liệu giải trình tự thế hệ mới (NGS)

Phân tích dữ liệu giải trình tự thế hệ mới (NGS) là một thách thức rất lớn đòi hỏi phải có một quy trình phân tích có hệ thống và hiệu quả. Phòng Tin sinh học đã và đang phát triển các chương trình phân tích các bộ dữ liệu sinh học ở quy mô rộng lớn, đặc biệt tập trung vào công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS). Các quy trình phân tích của chúng tôi bao gồm đánh giá chất lượng dữ liệu, phân tích toàn diện, xử lý kết quả và trình bày kết quả với khách hàng theo mọi khía cạnh đầy đủ nhất. Ngoài ra đối với một vài dự án đặc biệt, quy trình phân tích còn kèm theo gói dịch vụ phát triển thuật toán ứng với các vấn đề xảy ra trong quy trình. Dưới đây là danh sách các gói dịch vụ phân tích dữ liệu tại phòng Tin sinh học:

Metagenomics

Whole Metagenomics Analysis và 16S-rRNA Metagenomics Analysis

• Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu (Quality Check & Filtering)
• Xác định trình tự rRNA từ trình tự đọc (Identification of rRNA sequence from reads)
• Xác định OTU (OTUs identification)
• Phân loài taxonomy và kiểm tra số lương (Taxonomy classification and relative abundance)
• Tính toán độ đang dạng alpha và đường cong rarefaction (Alpha diversity and rarefaction curves)
• Tính toán độ đa dạng theo beta (Beta diversity calculation (if multiple samples available))

Genomics

Denovo Whole Genome Assembly Analysis

• Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu (Quality Check & Filtering)
• Lắp ráp (Read assembly)
• Dự đoán gen (Gene prediction)
• Chú giải gen (Gene annotation)
• Các phân tích và chú giải nâng cao (Advance annotation and analysis)

Whole Genome Re-sequencing

• Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu (QC & Filter)
• Ánh xạ trình tự đọc vào hệ gen tham chiếu (Read alignment to the reference genome)
• Tìm kiếm các vị trí đột biến (Variant calling)
• Chú giải đột biến (Annotation of variants)

Transcriptomics

Exome Data Analysis

• Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu (QC & Filter)
• Ánh xạ trình tự đọc (Read alignment)
• Tìm kiếm các vị trí đột biết (Variant calling)
• Chú giải chức năng đột biến lên ngân hàng bệnh (Comprehensive disease and common variants annotation)

Denovo Transcriptome Analysis

• Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu (Quality check & filtering)
• Lắp ráp de novo (Read assembly)
• Ước tính biểu hiện (Contig expression estimation)
• Phân tích sai khác biểu hiện (Differential gene expression (if multiple samples available))
• Chú giải chức năng lên ngân hàng NCBI và Uniprot (BLASTX annotation to UniProt and NCBI protein database)
• Chú giải Gene Ontology (Gene Ontology (GO) annotation)

Reference-based Transcriptome Analysis (RNA-Seq)

• Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu (Quality Check & Filtering)
• Ánh xạ trình tự đọc lên hệ gen tham chiếu (Read alignment to the reference genome)
• Ước tính biểu hiện (Expression estimation)
• Phân tích sai khác biểu hiện (Differential gene expression (if multiple samples available))
• Phân tích con đường trao đổi chất (Gene pathway analysis)