RiceVarMap – Cơ sở dữ liệu toàn diện về biến thể gen lúa

RiceVarMap (Rice Variation Map, http://ricevarmap.ncpgr.cn) là một cơ sở dữ liệu về các thay đổi trong hệ gen của lúa. Cơ sở dữ liệu cung cấp thông tin toàn diện về 6.551.358 đột biến đơn điểm (SNP), 1.214.627 INDEL (insertions/deletions) trong trình tự của 1479 giống lúa. Tất cả các SNP/INDEL đều có thể tải về hoặc sử dụng trực tiếp. Người dùng có thể tìm kiếm SNP/INDEL bằng công cụ nhận dạng SNP/INDEL, công cụ bộ nhận dạng gen, vùng gen và từ khóa về chú giải gen. Tần số alen trong mỗi nhóm quần thể khác nhau và ảnh hưởng của sự thay đổi có thể làm thay đổi trình tự protein của mỗi gen cũng được liệt kê cho mỗi SNP/INDEL. Cơ sở dữ liệu cũng cung cấp chi tiết về đặc điểm địa lý và kiểu hình của từng giống lúa. Đặc biệt, RiceVarMap có các công cụ để xây dựng mạng haplotype và thiết kế mồi PCR. Những công cụ và dữ liệu có sẵn này rất hữu ích để khám phá các biến thể di truyền và nghiên cứu sự phát triển của lúa.

{fcomment}