Phân tích phát sinh loài và so sánh trình tự của vi khuẩn sinh Alpha Amylase bền nhiệt thuộc các giới Archea, Prokaryotes và Eukaryotes

Tác giả: Huma T¹, Maryam A¹, Rehman SU², Qamar MT¹, Shaheen T¹, Haque A¹, Shaheen B¹

Alpha amylase nói chung được định nghĩa là nhóm enzyme có khả năng thủy phân liên kết alpha của các polysaccharide. Để phân tích và so sánh các nhóm alpha amylase, trình tự nucleotide của 7 nhóm vi sinh vật sinh alpha amylase bền nhiệt thuộc các giới Archea (đại diện là Pyrococcus furiosus ở nhiệt độ 100-105°C), Prokaryotes (đại diện là Bacillus licheniformis ở 90-95°C, Geobacillus stearothermophilus (75°C), Bacillus amyloliquefaciens (72°C), Bacillus subtilis (70°C) và Bacillus KSM K38 (55°C)) và Eukaryotes (Aspergillus oryzae 60°C) được lựa chọn. Việc phân tích thành phần cấu trúc chính và các đoạn trình tự bảo toàn được thực hiện bằng công cụ BioEdit. Kết quả cho thấy chỉ có 3 vùng base paires được bảo tồn. Trong công cụ Mega 5.1 cây phát sinh loài của giới Archea, prokaryote và eukaryote đã được xử lý bởi thuật toán Neighbor-Joining. Kết quả cho thấy, Pyrococcus furiosus (100-105°C), Bacillus licheniformis (90-95°C), Geobacillus stearothermophilus (75°C) và Bacillus amyloliquefaciens (72°C) có họ hàng xa với nhóm sinh alpha amylase không bền nhiệt.

Nguồn: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25187685

{fcomment}