MỤC LỤC BÀI VIẾT
Sự khác nhau giữa resequencing, de novo sequencing và lắp ráp hệ gen (genome assembly) là gì?
Resequencing thường được lựa chọn khi trình tự hệ gen tham chiếu của loài đã được công bố. Các read được dóng hàng với hệ gen tham chiếu để xác định vị trí của chúng trong bộ gen. Resequencing thường được áp dụng để phát hiện các biến thể (SNP – đa hình đơn nucleotide, Insertion/Deletion – chèn/xóa, Structural variant – biến thể cấu trúc, Copy number variant – biến thể số lượng bản sao) và ảnh hưởng của chúng — chẳng hạn như so sánh hệ gen tế bào khối u với tế bào bình thường, phân tích di truyền quần thể và phân tích bệnh di truyền Mendel.
De novo sequencing và lắp ráp hệ gen thường được sử dụng cho các sinh vật chưa có hệ gen tham chiếu. Hệ gen của chúng phải được lắp ráp sau khi giải trình tự. Sau đó, hệ gen này có thể được sử dụng để phân tích và làm cơ sở cho các dự án resequencing trong tương lai.
Tôi nên lựa chọn công nghệ giải trình tự nào cho dự án của mình?
Câu trả lời phụ thuộc vào nhiều yếu tố, bao gồm mục tiêu của dự án, đối tượng nghiên cứu và số lượng mẫu cũng như kinh phí thực hiện.
Công nghệ của Illumina có thể phù hợp với hầu hết các nghiên cứu. Giải trình tự Illumina tạo ra số lượng lớn các đoạn đọc (read) ngắn (< 300 bp) có chất lượng cao, rất tốt trong việc phát hiện các biến thể. Bộ dữ liệu Illumina được áp dụng rộng rãi cho các nghiên cứu hệ gen của virus, vi khuẩn, động vật và thực vật, với nhiều kiểu nguyên liệu đầu vào bao gồm DNA nồng độ thấp và DNA tự do (cfDNA).
Tuy nhiên, một số loại phân tích nhất định có thể được cải thiện bằng cách đọc trình tự đoạn dài (vài kilobase) bằng công nghệ PacBio. Những đoạn đọc dài này có thể bao phủ các vùng lặp lại lớn, cho phép lắp ráp gần như hoàn chỉnh các bộ gen có kích thước từ nhỏ đến trung bình, cải thiện việc lắp ráp các bộ gen phức tạp (ví dụ: thực vật và động vật) và phát hiện tốt các biến thể cấu trúc lớn. Đọc trình tự đoạn dài là lựa chọn lý tưởng cho các bộ gen phức tạp có các đoạn lặp lại nhiều và/hoặc có tỉ lệ GC cao.
Tôi cần độ bao phủ bao nhiêu?
Câu trả lời phụ thuộc vào nhiều yếu tố, bao gồm mục tiêu của dự án, đối tượng nghiên cứu và số lượng mẫu cũng như kinh phí thực hiện.
Một số khuyến nghị về giải trình tự toàn bộ hệ gen sử dụng công nghệ của Illumina:
- Phân tích dòng gốc / biến thể thường gặp: 20-50x
- Biến thể soma / biến thể hiếm gặp: 100-1000x
- Tế bào khối u so với tế bào bình thường: tế bào khối u ≥ 60x, tế bào bình thường ≥ 30x
- Nghiên cứu quần thể: 20-50x
- Lắp ráp de novo: 100-1000x
Một số khuyến nghị về giải trình tự toàn bộ hệ gen sử dụng công nghệ PacBio:
- Gap filling và scaffolding: 10x
- Phát hiện biến thể cấu trúc lớn: 10x
- Phân tích dòng gốc / biến thể thường gặp: 20-50x
- Lắp ráp de novo: 50-100x
Làm cách nào để tính toán độ bao phủ?
Mức độ bao phủ là một hệ số nhân dựa trên tổng kích thước của bộ gen. Đối với con người, có thể đạt được độ phủ 30 lần với 600 triệu đoạn đọc dài 150 bp (hoặc 300 triệu đoạn đọc pair-end).
Độ bao phủ = (độ dài mỗi read) x (tổng số read) / (kích thước hệ gen)
Ví dụ: 30x = (150 bp / read) x (600 x 106 read) / (3 x 109 bp)
Bộ kit và quy trình chuẩn bị thư viện nào được sử dụng để giải trình tự toàn bộ hệ gen với các đoạn đọc ngắn?
Để giải mã hệ gen trên máy giải trình tự của Illumina, quy trình chuẩn bị thư viện DNA tiêu chuẩn sử dụng bộ kit chuẩn bị thư viện dựa trên kĩ thuật PCR tương thích với Illumina.
LOBI Vietnam cung cấp các loại phân tích Tin Sinh học nào cho dữ liệu giải trình tự toàn bộ hệ gen?
Với dữ liệu giải mã hệ gen trên nền tảng Illumina, gói phân tích tiêu chuẩn của chúng tôi bao gồm lắp ráp de novo và chú giải hệ gen, phân tích phát hiện các SNP/INDEL và các biến đổi cấu trúc CNV.
Chúng tôi cũng cung cấp dịch vụ lắp ráp de novo, có thể thu được trình tự hệ gen gần hoàn chỉnh đến hoàn chỉnh cho hầu hết các hệ gen.
Để biết thêm chi tiết, vui lòng xem tại đây.
Làm cách nào tôi có thể liên hệ với LOBI Vietnam để được tư vấn kỹ thuật về dự án của mình?
Vui lòng gửi yêu cầu tới chúng tôi tại đây
hoặc liên hệ với chúng tôi qua một trong các kênh sau:
- Email: info@lobi.vn
- Hotline: 092 510 8899
- Facebook: LOBI Vietnam – a Bioinformatic Company
Dữ liệu của tôi sẽ được chuyển giao như thế nào?
Khách hàng có thể tải xuống dữ liệu online hoặc sử dụng ổ cứng/usb nếu cần thiết. Dữ liệu của bạn sẽ được lưu trữ miễn phí trên server của chúng tôi trong 3 tháng.
Chi phí cho việc giải trình tự toàn bộ hệ gen là bao nhiêu?
Vui lòng gửi yêu cầu báo giá để nhận được thông tin giá chính xác, vì chi phí phụ thuộc vào chi tiết của dự án.
Tôi nên chuẩn bị và gửi mẫu như thế nào?
Vui lòng tham khảo hướng dẫn của chúng tôi về yêu cầu chất lượng và quy cách đóng gói mẫu tại đây.
Điều gì sẽ xảy ra nếu các mẫu của tôi không đáp ứng đúng các yêu cầu về nguyên liệu đầu vào để giải trình tự?
Chúng tôi sẽ đưa ra khuyến nghị tùy vào báo cáo QC cụ thể của từng mẫu. Khách hàng cũng có thể gửi lại mẫu với một khoản phí bổ sung.
Tôi có thể theo dõi tiến độ dự án của mình bằng cách nào?
LOBI sẽ cập nhập tiến độ dự án của bạn qua email.
LOBI bảo quản mẫu trong bao lâu?
Mẫu sẽ được gửi đi giải trình tự ngay sau khi nhận mẫu và được loại bỏ sau khi có kết quả giải trình tự. dữ liệu giải trình tự sẽ được chúng tôi lưu giữ trong vòng 3 tháng.
LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.
