Giải trình tự hoàn thiện lục lạp của 5 loài Araliaceae

Tác giả: Rong Li, Peng-Fei Ma, Jun Wen mail, Ting-Shuang Yi

Bối cảnh:

Họ Sâm (Araliaceae) có nhiều loài có ý nghĩa kinh tế rất quan trọng. Những nghiên cứu phân loại tiến hóa trước đây xoay quanh ba nhánh chính trong họ Sâm, nhưng mối quan hệ giữa các loài trong những nhóm này lại chưa được khám phá rõ ràng, có lẽ là do sự phân chủng diễn ra quá nhanh. Những nghiên cứu gần đây đã cho thấy việc nghiên cứu phát sinh tiến hóa dựa vào bộ gen lục lạp có thể giải quyết được những mối quan hệ phức tạp này.

Kết quả

Rong Li và đồng nghiệp đã giải trình tự hoàn thiện bộ gen lục lạp của 5 loài Araliaceae bằng công nghệ giải trình tự thế hệ mới. 5 bộ gen lục lạp này có độ dài từ 156,333 bp đến 156,459 bp; bao gồm các đoạn IR(25,551-26108 bp), LSC(86,028-86,566bp), SSC(18,021-19,117bp). Mỗi bộ gen có 114 gen khác nhau bao gồm 30 gen tRNA, 4 gen rRNA và 80 gen mã hóa protein. Kích thước gen, thành phần, thứ tự, thành phần AT và cấu trúc vùng biên giữa đoạn IR và SC là tương tự nhau giữa bộ gen lục lạp của các loài Araliaceae. Tổng cộng có 140 đoạn lặp được xác định trên 5 bộ gen, các đoạn lặp palindromic (những đoạn sắp xếp theo thứ tự xuôi hay ngược đều giống nhau) là phổ biến nhất. Phân tích tiến hóa bằng suy luận Bayesian, suy luận hợp lỹ và thuật toán hà tiện dựa trên các bộ gen lục lạp cho thấy sự phát sinh ngành của nhóm Asian Palmate và Aralia–Panax. 

Full article