Giải trình tự thế hệ mới phải bị loại bỏ (phần 2) – sự rắc rối giữa các thế hệ

Như đã đăng trong bài viết trước đây của tôi về vấn đề thuật ngữ giải trình tự thế hệ mới phải được loại bỏ, trong bài viết này tôi muốn làm rõ giải trình tự thế hệ mới phải liên quan đến các công nghệ Illumina, 454, SOLiD, Helicos, Ion Torrent, Complete Genomics, PacBio và Oxford Nanopore (mỗi một đường dẫn đều trỏ vào các bài báo khác nhau).

Để hiểu rõ hơn bản chất của vấn đề, chúng ta cần rạch ròi những công nghệ nào thuộc vào thế hệ nào. Một ví dụ điển hình là Complete Genomics là công nghệ giải trình tự thế hệ thứ hai ngoại trừ việc một bài báo khác khẳng định đó là thế hệ thứ ba. Một ví dụ khác, Oxford Nanopore là công nghệ duy nhất thuộc thế hệ thứ tư… trong khi không ít nhà khoa học lại coi đó là nền tảng thế hệ thứ ba. Cộng đồng giải trình tự ít lâu nay cũng coi Ion Torrent chắc chắn là một nền tàng thuộc thế hệ thứ hai… mặc dù vậy đây là nền tảng thế hệ thứ ba. Một bài báo đã được công bố về vấn đề này khi làm sáng tỏ hơn việc Ion Torrent nằm giữa thế hệ thứ hai và thế hệ thứ ba.

Tiếp tục chủ đề thú vị này tôi xin được trích dẫn những bài báo khẳng định như đinh đóng cột rằng PacBio vừa có thể là thế hệ thứ hai, thế hệ thứ ba… thậm chí còn có thể là thế hệ 2.5. Tương tự, Helicos cũng được rất nhiều bài báo cho rằng đây là thế hệ thứ hai, thế hệ thứ ba hoặc có thể “nằm giữa sự chuyển giao từ thế hệ thứ hai sang thế hệ thứ ba“.

Hy vọng với những thông tin trên đây, mọi thứ đã rõ ràng hơn với các độc giả theo dõi bài viết.

Tác giả: Keith Bradnam – UC Davis Genome Center

Nguồn: http://www.acgt.me/blog/2014/3/10/next-generation-sequencing-must-diepart-2

{fcomment}