LB·BIA | Dịch vụ phân tích Tin sinh học

LOBI cung cấp Dịch vụ phân tích Tin sinh học LB·BIA (viết tắt của LOBI BioInformatic Analysis) với khả năng phân tích Tin sinh học toàn diện cho một loạt các ứng dụng từ genomics, transcriptomics cho tới metagenomics.

Với gần 10 năm kinh nghiệm phân tích dữ liệu giải trình tự thế hệ mới NGS cho các đề tài, dự án cấp quốc gia, đội ngũ chuyên gia của LOBI Việt Nam luôn sẵn sàng tư vấn giải pháp toàn phân hay từng phần cho các dự án nghiên cứu của bạn. Bạn chỉ cần để lại yêu cầu tại đây [Liên hệ], chúng tôi sẽ hỗ trợ bạn.

Với hệ thống máy chủ điện toán đám mây linh hoạt của Google clouds, LOBI có thể phân tích xử lý dữ liệu hệ gen của hầu hết cả loài, từ hệ gen vi khuẩn cho tới hệ gen người với độ chính xác cao và thời gian trả kết quả nhanh, từ 1 tới 4 tuần tùy kích thước dữ liệu.

Các dịch vụ chính của LB.BIA bao gồm:

  • Lắp ráp hệ gen (de novo assembly)
  • Dóng hàng và Phát hiện biến dị di truyền (genome alignment and variant calling)
  • Lắp ráp hệ phiên mã (transcriptome assembly)
  • Phân tích gen có biểu hiện khác biệt (Differential gene expression, RNA-seq DEG)
  • Phân tích Metagenomics (16S)
  • Phân tích Metagenomics (Shotgun)

Lắp ráp hệ gen (de novo assembly)

  1. QC dữ liệu
  2. Loại bỏ dữ liệu bị nhiễm từ vật chủ nếu có
  3. Lắp ráp hệ gen
    • Lắp ráp hệ gen với hàng loạt các công cụ khác nhau
    • So sánh và lựa chọn hệ gen được lắp ráp tốt nhất
    • Kiểm tra và loại bỏ các contig bị nhiễm từ vật chủ nếu có
    • Ghép contig (scaffolding) để xây dựng nhiễm sắc thể và/hoặc contig dài.
  4. Dự đoán và chú giải gene
  5. Chú giải chuyên sâu (gene tương đồng, con đường trao đổi chất, ..)
  6. Biểu diễn dữ liệu phân tích bằng hình đạt tiêu chuẩn cho công bố quốc tế
  7. Hỗ trợ công bố quốc tế tối đa, chỉnh sửa, cập nhật theo yêu cầu của phản biện

Liên hệ với chúng tôi để được tư vấn rõ hơn.

Dóng hàng và Phát hiện biến dị di truyền (genome alignment and variant calling)

  1. QC dữ liệu đọc trình tự
  2. Dóng hàng với hệ gen tham chiếu (genome aligment)
  3. Phát hiện biến dị di truyền và đánh giá chất lượng (variant calling and QC)
  4. Dự đoán ảnh hưởng của biến dị (variant effect), chú giải biến dị (annotation)
  5. Biểu diễn dữ liệu phân tích bằng hình đạt tiêu chuẩn cho công bố quốc tế
  6. Hỗ trợ công bố quốc tế tối đa, chỉnh sửa, cập nhật theo yêu cầu của phản biện

Liên hệ với chúng tôi để được tư vấn rõ hơn.

Lắp ráp hệ phiên mã (transcriptome assembly)

  1. QC dữ liệu đọc trình tự
  2. Loại bỏ trình tự nhiễm từ vật chủ nếu có
  3. Lắp ráp hệ phiên mã:
    • Lắp ráp hệ gen với hàng loạt các công cụ khác nhau
    • So sánh và lựa chọn hệ gen được lắp ráp tốt nhất
  4. Chú giải hệ gen phiên mã (annotation):
    • Chú giải với Trinotate
    • So sánh với các loài liên quan gần
  5. Chú giải chuyên sâu (gene tương đồng, con đường trao đổi chất, ..)
  6. Biểu diễn dữ liệu phân tích bằng hình đạt tiêu chuẩn cho công bố quốc tế
  7. Hỗ trợ công bố quốc tế tối đa, chỉnh sửa, cập nhật theo yêu cầu của phản biện

Liên hệ với chúng tôi để được tư vấn rõ hơn.

Phân tích gen có biểu hiện khác biệt (Differential gene expression, RNA-seq DEG)

  1. QC dữ liệu
  2. Dóng hàng với hệ gen tham chiếu và phân tích các gen có biểu hiện khác biệt (DEG) sử dụng các ngưỡng lọc
  3. Phân tích thống kê chuyên sâu để giảm thiểu các âm tính giả
  4. Phân tích chức năng gene như gene ontology, pathway và mạng tương tác gene/protein
  5. Phối hợp với nhóm nghiên cứu để Phân tích chuyên sâu theo các mục tiêu nghiên cứu (nếu có)
  6. Biểu diễn dữ liệu phân tích bằng hình đạt tiêu chuẩn cho công bố quốc tế
  7. Hỗ trợ công bố quốc tế tối đa, chỉnh sửa, cập nhật theo yêu cầu của phản biện

Liên hệ với chúng tôi để được tư vấn rõ hơn.

Phân tích Metagenomics (16S)

  1. Xây dựng hồ sơ taxonomy
  2. Phân tích chỉ số đa dạng ⍺, β diversity
  3. So sánh thống kê cơ bản các chỉ số đa dạng alpha/beta và biểu diễn theo metadata có sẵn (Multivariate analysis)
  4. Xác định biomarker (taxa hoặc OTU/ASV) quan trọng
  5. Phân tích mạng lưới liên kết trong hệ vi sinh (Network analysis)
  6. Dự đoán gene và con đường trao đổi chất
  7. Phân loại và đánh giá tính trạng trong toàn bộ quần thể bằng phương pháp học máy
  8. Phối hợp với nhóm nghiên cứu để Phân tích chuyên sâu theo các mục tiêu nghiên cứu (nếu có)
  9. Biểu diễn dữ liệu phân tích bằng hình đạt tiêu chuẩn cho công bố quốc tế
  10. Hỗ trợ công bố quốc tế tối đa, chỉnh sửa, cập nhật theo yêu cầu của phản biện

Liên hệ với chúng tôi để được tư vấn rõ hơn.

Phân tích Metagenomics (Shotgun)

  1. Xây dựng hồ sơ taxonomy
  2. Chú giải chức năng
  3. Lắp ráp và định danh phân loại bằng trình tự contig
  4. Dự đoán gene và chú giải chức năng các con đường trao đổi chất
  5. Phân tích thống kê các chỉ số sinh thái đa dạng quần thể như alpha/beta
  6. Xác định biomarker (species, strain, gene or pathway) quan trọng
  7. Phân tích mạng lưới liên kết trong hệ vi sinh (Network analysis)
  8. Phân loại và đánh giá tính trạng trong toàn bộ quần thể bằng phương pháp học máy

Liên hệ với chúng tôi để được tư vấn rõ hơn.

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *