Lựa chọn microarray cho nghiên cứu và chẩn đoán lâm sàng

Giới thiệu

Công nghệ microarray giúp xác định các đột biến đơn nucleotide (SNV) được sử dụng rộng rãi trong các nghiên cứu tương quan toàn bộ hệ gen (GWAS) và chẩn đoán, xét nghiệm lâm sàng. Các trung tâm chăm sóc sức khỏe trên thế giới đã và đang thực hiện các nghiên cứu nhằm đánh giá khả năng ứng dụng của microarray để xác định các đột biến, xét nghiệm dược lý hệ gen (PharmacoGenomics). Công nghệ microarray đã trải qua sự phát triển vượt bậc cả về số lượng và chất lượng trong những năm gần đây, khiến việc so sánh các loại microarray ngày càng trở nên quan trọng hơn.

Một nghiên cứu mới đây đã thực hiện đánh giá 28 loại microarray phổ biến hiện nay từ các nhà sản xuất là Illumina và Affymetrix. Số lượng các biến thể di truyền mà các loại microarray này có thể xác định được trải dài từ khoảng 240 nghìn (Exome V1.1) cho tới hơn 4 triệu (Omni5). Trước đây, con số này thường tăng dần khi các loại array mới ra đời. Tuy nhiên, các array thế hệ mới nhất như GSAv3 (Illumina) và PMDA (Affymetrix) lại tập trung vào imputation quality thay vì phạm vi bao phủ trên toàn hệ gen.

Kết quả so sánh

Kiểm tra phạm vi bao phủ trên 59 gen ACMG actionable (các gen liên quan nhiều tới các bệnh ung thư và tim mạch), kết quả cho thấy PMDA (11.851 biến thể) và GSAv3 (10.353 biến thể) là các array có độ phủ cao nhất đối với các biến thể thuộc các gen này. Trong khi đó, các array có số lượng biến thể được bao phủ cao trên toàn hệ gen như Omni5 và Omni2.5 lại rất hạn chế trong việc xác định biến thể thuộc 59 gen ACMG actionable trên. PMDA và GSAv3 là các microarray thế hệ mới nhất hiện nay trên thị trường.

microarray
Độ bao phủ các biến thể thuộc các gen ACMG actionable

Kết quả tương tự cũng được đưa ra khi thực hiện đánh giá độ bao phủ của các array đối với các gen dược lý thuộc họ CYP450. Các array PMDA, PMRA, GSAv1 và GSAv3 là các lựa chọn tốt nhất. Cần lưu ý rằng đối với từng gen khác nhau, các loại array sẽ có độ bao phủ khác nhau. Ví dụ, Axiom_UKB có thể xác định khoảng 60% các *allele của gen CYP3A5, trong khi con số này với gen CYP2D6 chỉ là 20%, một phần do các *allele của gen này được quyết định bởi các CNV (biến thể số lượng bản sao). Đối với các *allele của gen HLA, độ bao phủ trung bình của các array chỉ đạt khoảng 45%. Hiện nay, phương pháp tốt nhất để xác định kiểu gen của gen HLA vẫn là giải trình tự.

Độ bao phủ các *allele thuộc các gen dược lý

Kết luận

Tựu chung lại, tác giả nhận thấy xu hướng phát triển các loại microarray mới sẽ tập trung mạnh mẽ vào các ứng dụng lâm sàng, đặc biệt là trong thời đại của y học cá thể hóa. Ở thời điểm hiện tại, PMDA từ Affymetrix và GSAv3 từ Illumina là các array hiệu quả nhất cho mục đích trên. LOBI Việt Nam là đơn vị chuyên cung cấp dịch vụ microarray genotyping với các loại array mới nhất hiện nay. Vui lòng liên hệ với chúng tôi để được tư vấn và giải đáp thêm về dịch vụ.

Tham khảo

Verlouw, J. A., Clemens, E., de Vries, J. H., Zolk, O., Verkerk, A. J., am Zehnhoff-Dinnesen, A., … & Broer, L. (2021). A comparison of genotyping arrays. European Journal of Human Genetics29(11), 1611-1624.

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *