Metavir 2: công cụ mới nhằm so sánh nhiều hệ gen virus và phân tích hệ gen virus đã được lắp ráp

Metavir 2: new tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis

Simon Roux, Jeremy Tournayre, Antoine Mahul, Didier Debroas và François Enault^*

Bối cảnh

Metagenomic là phương pháp thích hợp giúp chúng ta có cái nhìn sâu hơn về cấu trúc và chức của các quần thể virus trong môi trường. Cùng với sự tiến bộ trong công nghệ giải trình tự, những thách thức mới nảy sinh cần phải phát triển các công cụ tin sinh phục vụ cho việc nghiên cứu phân tích hệ gen virus (virome) (i) số lượng viromes được tìm thấy rất nhiều và (ii) có thể tạo ra các hệ gen lớn bằng cách lắp ráp một số lượng các đoạn trình tự cho mỗi metagenome.

Kết quả

Để giải quyết các vấn đề trên, phiên bản mới của Metavir đã được phát triển. Đầu tiên, tất cả các công cụ của Metavir đã được cập nhật để hỗ trợ phân tích so sánh hệ gen virus nhằm cải thiện việc phân tích nhiều bộ dữ liệu với nhau. Ngoài ra dựa vào các dữ liệu so sánh trước, giờ đây hệ gen virus có thể được so sánh thông qua k-mer, phân loài và các cây phân loài có chứa các trình tự từ các bộ dữ liệu khác nhau. Thứ hai, một phần mới được thiết kế đặc biệt cho phép có thế lắp ráp hệ gen virus từ rất nhiều đoạn trình tự đoạn ngắn của hẹ gen lớn (contigs). Phần này bao gồm một quy trình chú giải các contigs của virus (dự đoán gen, so sánh với các ngân hàng dữ liệu về hệ gen virus và protein) và so sánh sánh mở rộng giữa các đoạn contigs với hệ gen tham chiếu. Contigs và chú giải của nó có thể được khám phá ngay trên trang web thông qua bản đồ hệ gen động và mạng tương tác.

Kết luận

Các tính năng mới của Metavir 2 cho phép người dùng có thể khám phá và phân tích hệ gen virus từ đoạn trình tự thô, hoặc các đoạn đã được lắp ghép thông qua tập hợp các công cụ thích hợp và giao diện thân thiện.

Link