Metavir: công cụ so sánh metagenome virus và phân tích lắp ráp virome

Metavir 2: new tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis

Author: Simon Roux¹², Jeremy Tournayre¹², Antoine Mahul³, Didier Debroas¹² and François Enault^12*

Bối cảnh: Metagenomic, cơ sở dựa trên giải trình tự các gen biểu hiện tính chất đặc trưng loài, đó là cách tốt nhất để có sự đánh giá sâu sắc về các thành phần, cấu trúc và cơ chế hoạt động của cộng đồng virus. Sau đó tiến tới công nghệ giải trình tự, những thách thức mới của các công cụ tin sinh học tới việc phân tích metagenome virus như : Số loài virus mới ngày càng tăng và các đoạn trình tự (fragments) của hệ gen lớn bây giờ có thể thu được bằng cách lắp ráp số lượng lớn các  trình tự được tạo ra cho mỗi metagenome.

Kết quả: Để đối mặt với thách thức, một phiên bản mới Metavir được phát triển. Đầu tiên, toàn bộ các công cụ Metavir đã được điều chỉnh để hỗ trợ phân tích so sánh virome nhằm cải thiện cho việc phân tích nhiều bộ dữ liệu. Ngoài việc so sánh chuỗi trước đây, virome bây giờ được so sánh qua các tần số k-mer của chúng, phân loại, bổ sung và xây dựng cây phát sinh loài từ nhiều bộ dữ liệu khác nhau. Thứ hai, ra đời một thiết kế đặc biệt để lắp ráp xử lý viromes với hàng nghìn mảnh vỡ lớn của bộ gen (contig). Phần này bao gồm quy trình chú giải và tải các contig virus (dự đoán gen, tìm kiếm gen tham chiếu virus và các protein) và so sánh gióng hàng giữa contig với hệ gen tham chiếu. Contig và chú giải của chúng có thể tìm kiếm trên các website phát triển bản đồ gen và mạng lưới tương tác.

Kết luận: Các tính năng mới của Mrtavir 2 cho phép người dùng khám phá và phân tích virome gồm: đọc dữ liệu hoặc ghép các mảnh thông qua các công cụ được được tích hợp sẵn.

Tham khảo: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/76