Phần mềm HiBio hỗ trợ các nhà sinh học

Trong tháng 12 năm 2004, Phân viện Công nghệ thông tin tại TP.Hồ Chí Minh (IOIT-HCMC) phát hành phiên bản đầu tiên bộ phần mềm HiBio. Đây là bộ phần mềm phục vụ việc nghiên cứu và huấn luyện Sinh học phân tử đầu tiên của Việt Nam với đầy đủ các tính năng liên quan đến việc xử lý cả những vấn đề về gene và protein.

Sinh tin học (Bioinformatics) là một lĩnh vực tương đối phát triển, nhưng ở Việt Nam, lĩnh vực này cũng chỉ xuất hiện ở các viện nghiên cứu hoặc các trường đại học lớn. Đặc biệt, việc tạo ra các sản phẩm phân mềm để đưa vào áp dụng lại vô cùng ít ỏi.

Nhóm nghiên cứu dưới sự chủ trì bởi TS. Trần Văn Lăng của Phân viện Công nghệ thông tin tại TP. Hồ Chí Minh, trong những năm qua đã tập trung để hình thành nên sản phẩm phần mềm HiBio với một số tính năng cần thiết cho việc tìm hiểu về sinh học phân tử. Trong bộ phần mềm này có các chức năng từ đơn giản như kiểm tra trình tự đúng với một trình tự DNA, Protein không; chuyển đổi trình tự từ DNA sang RNA, rồi sang Protein với một số bảng mã, dịch Frame, v.v… cho đến các chức năng phức tạp hơn. Chẳng hạn, thiết kế mồi để hiễn thị cặp mồi tốt nhất, cặp mồi xuôi, cặp mồi ngược, hoặc sắp xếp theo quality; có thể thiết kế bản đồ plasmid với các tính năng cần thiết, trong đó có cả các đề xuất những enzym cắt; có thể sử dụng để dự đoán cấu trúc protein bậc 2, hoặc coi cấu trúc bậc 3 của một protein nào đó; có thể sử dụng để vẽ cây sinh loài theo hai dạng có gốc và không gốc; vấn đề tìm kiếm motif cũng được đặt ra trong HiBio. Bên cạnh đó các phần mềm nguồn mở như ClustalX, RasTop, Blastn cũng được tích hợp vào hệ thống với sự bản địa hóa cao.

Ngoài ra, nhóm thực hiện cũng xây dựng Website IOIT-HCMC Bioinformatics tại địa chỉ http://www.ioit-hcm.ac.vn/index.htm. Tại Website này có cả những phần mềm do nhóm thực hiện xây dựng và cả những phần mềm khác do nhóm thu thập được trên Internet nhằm phổ biến kiến thức về Sinh học phân tử. Website ngoài việc giúp tìm kiếm thông tin như những trang web thông thường khác, còn có những tính năng quan trọng của các chuyên gia nghiên cứu về sinh học. Chẳng hạn, thiết kế bản đồ plasmid, so sánh mức độ tương đồng, dự đoán cấu trúc protein, phân tích những trình tự sinh học trên cơ sở kết nối với các ngân hàng dữ liệu về gene và protein của thế giới,v.v…
Với hai sản phẩm này, nhóm thực hiện muốn phổ biến đến cộng đồng những người nghiên cứu và ứng dụng công nghệ sinh học. Qua đó thúc đẩy ngành sinh tin học của nước nhà phát triển, đồng thời mở ra cơ hội cho việc phát triển công nghiệp công nghệ phần mềm, tạo ra những sản phẩm phần mềm có hàm lượng chất xám cao.

(Nguồn: Phân viện Công nghệ thông tin tại TP. Hồ Chí Minh)

{fcomment}