Phân tích mẫu giải trình tự 16S rRNA từ môi trường sử dụng MEGAN

Analysis of 16S rRNA environmental sequences using MEGAN

Suparna Mitra*, Mario Stärk, Daniel H Huson

From Asia Pacific Bioinformatics Network (APBioNet) Tenth International Conference on Bioinformatics–First

ISCB Asia Joint Conference 2011 (InCoB/ISCB-Asia 2011)

Tóm lược

Bối cảnh: Metagenomics là một lĩnh vực đang phát triển rất mạnh mẽ với hi vọng hiểu rõ hơn về sự đa dạng loài, chức năng, các tác động qua lại và khả năng tiến hóa của vi sinh vật không thể nuôi cấy, sử dụng các công nghệ giải trình tự khác nhau. Có hai phương pháp chính dùng cho metagenomics đó là: Trình tự amplicon là giải trình tự các đoạn trình tự ở vị trí đặc biêt thường là 16S rRNA và giải trình tự ngắn với mồi ngẫu nhiên. Một vài công cụ hoặc chương trình đã được phát triển nhằm mục đích phân tích metagenomic sử dụng các đoạn trình tự 16S rRNA. Tương tự, cũng có một vài công cụ được phát triển ứng dụng cho phân tích các trình tự DNA ngẫu nhiên.

Kết quả: Chúng tôi mô tả một phần mở rộng trong phân tích metagenome sử dụng công cụ MEGAN, nó cho phép phân tích trình tự 16S. Trong phân tích tất cả các trình tự 16S được blast với ngân hàng dữ liệu của SILVA. Kết quả được đưa vào MEGAN, sử dụng file đồng bộ giữa dữ liệu của SILVA với acession numbers trên NCBI taxonomy.

Kết luân: Các mẫu lấy trực tiếp từ môi trường thường cần phải nghiên cứu sử dụng cả hai phương pháp: giải trình tự đoạn 16S và giải trình tự với mồi ngẫu nhiên. Vì vậy mà cần có công cụ cho phép phân tích cả hai loại dữ liệu đó cùng nhau, ví dụ như công cụ MEGAN. Những ý tưởng trên được trình bày cụ thể trong bài báo sử dụng phần mềm MEGAN 4, phần mềm được download tại địa chỉ sau: http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/megan

Link: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/12/S3/S17

{fcomment}