Phân tích metagenomics dạ cỏ Trâu Ấn Độ – Nguồn tiềm năng lớn cho việc tìm ra các enzyme phân giải sinh khối

High Potential Source for Biomass Degradation Enzyme Discovery and Environmental Aspects Revealed through Metagenomics of Indian Buffalo Rumen

Singh KM¹, Reddy B², Patel D², Patel AK², Parmar N², Patel A², Patel JB³, Joshi CG²

Ý tưởng bài báo cho rằng: Quần thể vi sinh vật tồn tại trong dạ cỏ của Trâu rất đa dạng và phức tạp, điều này có liên quan đến quá trình phân giải thành tế bào thực vật trong dạ cỏ. Vì vậy, nghiên cứu hệ vi sinh vật trong dạ cỏ có thể tìm ra những enzym có chức năng phân giải thành tế bào thực vật phục vụ cho các quá trình sản xuất nhiên liệu sinh học là việc làm cần thiết.

Với bộ dữ liệu metagenomics khoảng 3,9 GB trình tự, nhóm nghiên cứu đã lắp ráp được 137.270 contigs. Trong đó có 2.614 contigs mã hóa cho các enzym phân giải sinh khối bao gồm glycoside hydrolases (GH: 1943 contigs), carbohydrate binding module (CBM: 23 contigs), glycosyl transferase (GT: 373 contigs), carbohydrate esterases (CE: 259 contigs), và polysaccharide lyases (PE: 16 contigs). Phân tích metagenomics cũng cho thấy mức độ giống và khác nhau về cấu trúc cũng như chức năng của quần thể vi sinh vật tồn tại trong dạ cỏ. Từ đó nhóm nghiên cứu đã tìm ra một số lượng lớn gen liên quan đến quá trình phân giải sinh khối và có thể sẽ được áp dụng cho ngành sản xuất nguyên liệu sinh học.

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4124647/