fbpx

Xác định enzyme hoạt hóa carbohydrate bằng phương pháp phân tích metagenomics mẫu trầm tích dưới biển

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Metabarcoding là gì?

Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria

Mẫu được lấy từ một lõi trầm tích có độ dài 60m được sử dụng để làm giàu vi khuẩn hiếu khí ưa lạnh trên cellulose, xylan, chitin và tinh bột. Các loài thuộc Alpha và Gamma proteobacteria và Flavobacteria được phân lập từ trầm tích ở độ sâu từ 12 đến 42 dưới mực nước biển. DNA metagenomic tinh sạch được giải trình tự và phân tích phát sinh loài, xác định kiểu gen mã hóa enzyme hoạt hóa carbohydrate. Hơn 200 đoạn ORF (open reading frame) mã hóa cho hydrolases glycoside đã được xác định, và hơn 60 trong số đó liên quan đến enzyme phân giải lignocellulose.

Bốn gen mã hóa β-glucosidases được chọn để biểu hiện tái tổ hợp trong Escherichia coli. Ngoài ra một endomannanase, hai endoxylanases, và ba β-xylosidases được sản xuất tái tổ hợp. Tất cả các gen có thể được biểu hiện. Phân tích chức năng cho thấy sự khác biệt giữa các enzym tái tổ hợp so với các dự đoán dựa trên trình tự.

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25108363

ĐỌC THÊM:  Yêu cầu chất lượng và quy cách đóng gói mẫu để thực hiện giải trình tự NGS/Sanger

{fcomment}

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Metagenomics: Chọn V1V2 hay V3V4?

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *