Carbohydrate-active enzymes identified by metagenomic analysis of deep-sea sediment bacteria

Mẫu được lấy từ một lõi trầm tích có độ dài 60m được sử dụng để làm giàu vi khuẩn hiếu khí ưa lạnh trên cellulose, xylan, chitin và tinh bột. Các loài thuộc Alpha và Gamma proteobacteria và Flavobacteria được phân lập từ trầm tích ở độ sâu từ 12 đến 42 dưới mực nước biển. DNA metagenomic tinh sạch được giải trình tự và phân tích phát sinh loài, xác định kiểu gen mã hóa enzyme hoạt hóa carbohydrate. Hơn 200 đoạn ORF (open reading frame) mã hóa cho hydrolases glycoside đã được xác định, và hơn 60 trong số đó liên quan đến enzyme phân giải lignocellulose.

Bốn gen mã hóa β-glucosidases được chọn để biểu hiện tái tổ hợp trong Escherichia coli. Ngoài ra một endomannanase, hai endoxylanases, và ba β-xylosidases được sản xuất tái tổ hợp. Tất cả các gen có thể được biểu hiện. Phân tích chức năng cho thấy sự khác biệt giữa các enzym tái tổ hợp so với các dự đoán dựa trên trình tự.

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25108363

{fcomment}