fbpx

PRADA: Quy trình phân tích dữ liệu RNA-seq

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  PLINK: công cụ phân tích GWAS

PRADA: pipeline for RNA sequencing data analysis.

Torres-García W, Zheng S, Sivachenko A, Vegesna R, Wang Q, Yao R, Berger MF, Weinstein JN, Getz G, Verhaak RG.

Tóm tắt: Công nghệ giải trình tự hiệu năng cao ngày càng phát triển  đòi hỏi các công cụ phần mềm đi kèm cũng phải được cải tiến cho việc phân tích những dữ liệu khổng lồ một cách tự động. Với mục đích đó, nhóm nghiên cứu đã phát triển PRADA (Quy trình phân tích dữ liệu RNA-seq), đây là một nền tảng mang tính linh hoạt, mô-đun và tính mở rộng cao có thể xử lý dữ liệu giải trình tự paired-end theo các hướng: phân tích mức độ biểu hiện, xử lý chất lượng, phát hiện transcript dung hợp, xác định đột biến hay phân loại tương đồng. PRADA sử dụng thuật toán dual-mapping làm tăng độ nhạy và sàng lọc rất kỹ càng các kết quả đầu ra. PRADA đã được sử dụng rộng rãi và rất thành công ở dự án u nguyên bào đệm và tế bào thận thuộc chương trình Bản Đồ Hệ Gen Ung Thư. http://sourceforge.net/projects/prada/

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24695405

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Giới thiệu Biopython - Ngôn ngữ của Tin Sinh học
ĐỌC THÊM:  PLINK: công cụ phân tích GWAS

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *