PRADA: pipeline for RNA sequencing data analysis.

Torres-García W, Zheng S, Sivachenko A, Vegesna R, Wang Q, Yao R, Berger MF, Weinstein JN, Getz G, Verhaak RG.

Tóm tắt: Công nghệ giải trình tự hiệu năng cao ngày càng phát triển  đòi hỏi các công cụ phần mềm đi kèm cũng phải được cải tiến cho việc phân tích những dữ liệu khổng lồ một cách tự động. Với mục đích đó, nhóm nghiên cứu đã phát triển PRADA (Quy trình phân tích dữ liệu RNA-seq), đây là một nền tảng mang tính linh hoạt, mô-đun và tính mở rộng cao có thể xử lý dữ liệu giải trình tự paired-end theo các hướng: phân tích mức độ biểu hiện, xử lý chất lượng, phát hiện transcript dung hợp, xác định đột biến hay phân loại tương đồng. PRADA sử dụng thuật toán dual-mapping làm tăng độ nhạy và sàng lọc rất kỹ càng các kết quả đầu ra. PRADA đã được sử dụng rộng rãi và rất thành công ở dự án u nguyên bào đệm và tế bào thận thuộc chương trình Bản Đồ Hệ Gen Ung Thư. http://sourceforge.net/projects/prada/

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24695405