RNA-Rocket: Nguồn tài nguyên cho phân tích RNA-seq trong nghiên cứu bệnh lây nhiễm

RNA-seq là phương pháp sàng lọc hệ phiên mã sử dụng công nghệ giải trình tự thế hệ mới và là một trong những nhân tố quan trọng trong rất nhiều dự án nghiên cứu mong muốn khám phá các transcripts isoform, sàng lọc biểu hiện hay cấu trúc phiên mã. Các phương pháp, công cụ, phần mềm cho phân tích RNA-seq ngày càng thay đổi tạo nên những thách thức không nhỏ về tin sinh học cho những người mới bắt đầu tham gia lĩnh vực này.

RNA-rocket là một dịch vụ miễn phí cung cấp cho người dùng sử dụng những phần mềm phân tích RNA-seq và ChIP-Seq ứng dụng vào nghiên cứu bệnh truyền nhiễm. Trang web này đã tạo nền hàng ngàn bộ genome được index sẵn đi kèm là chú giải và đầu ra được hướng thẳng đến những cơ sở dữ liệu rất lớn như VectorBase, EuPathDB hay PATRIC. Trang web cũng cung cấp những dữ liệu thí nghiệm, những ví dụ về xử lý tiền máy tính, những hướng dẫn chi tiết từng bước và cả một giao diện người dùng rất thân thiện cho phép cả người dùng mới và cũ có thể dễ dàng tiếp cận.

Link: rnaseq.pathogenportal.org

Công bố: http://biorxiv.org/content/early/2014/08/14/007963.1