So sánh một số công cụ lắp ráp de novo cho dữ liệu từ thiết bị giải trình tự thế hệ mới

Comparative studies of de novo assembly tools for next-generation sequencing technologies.

Author: Lin Y¹, Li J, Shen H, Zhang L, Papasian CJ, Deng HW.

Ngày nay, một vài công cụ lắp ráp de novo đã được phát triển để sử dụng các đoạn trình tự ngắn được tạo ra từ thiết bị giải trình tự thế hệ mới. Tuy nhiên, hiệu suất của những công cụ này trong những điều kiện khác nhau chưa được nghiên cứu đầy đủ và những thông tin có sẵn cũng không đủ để quyết định điều kiện chạy tốt nhất cho một bộ dữ liệu cụ thể.

Kết quả:

Chúng tôi nghiên cứu và so sánh hiệu suất của một số công cụ lắp ráp de novo được phát triển để sử dụng với dữ liệu NGS phổ biến nhất hiện nay là SSAKE, VCAKE, Euler – sr, Velvet, AbySS và SOAPdenovo. Các công cụ được so sánh thông qua một số tiêu chí về hiệu suất như độ dài N50, độ bao phủ trình tự và độ chính xác khi lắp ráp. Một số đặc điểm của trình tự dữ liệu bao gồm single – end/paired – end, tỷ lệ GC, độ bao phủ chiều sâu và tỷ lệ lỗi đều được nghiên cứu để đánh giá hiệu suất của các công cụ này. Bài báo cũng nghiên cứu thời gian tính toán, yêu cầu bộ nhớ của 7 công cụ. Dựa vào kết quả so sánh, chúng tôi đưa ra các hướng dẫn để mỗi công cụ đạt hiệu suất tốt nhất đồng thời giúp người dùng có thể lựa chọn các công cụ thích hợp với dữ liệu của mình.

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21636596

{fcomment}