Tập hợp các công cụ mã nguồn mở để khai thác dữ liệu khối phổ

A collection of open source applications for mass spectrometry data mining.

Gallardo O1, Ovelleiro D, Gay M, Carrascal M, Abian J.

Chúng tôi sẽ trình bày một số ứng dụng tin sinh học để xác định và đánh giá thành phần phosphoproteome bằng khối phổ. Những công cụ được giới thiệu gồm một giao diện đồ họa cho người dùng kết hợp giữa hai công cụ RAW và MGF ((EasierMgf)), hai giao diện đồ họa cho các công cụ tìm kiếm OMSSA và SEQUEST (OmssaGui và SequestGui); ba ứng dụng, một phục vụ việc quản lý cơ sở dữ liệu FASTA (FastaTools), một dành cho việc tích hợp các kết quả từ ba công cụ tìm kiếm (Integrator), ứng dụng còn lại để trực quan hóa kết quả tìm kiếm tương ứng trong cơ sở dữ liệu (JsonVisor). Bộ công cụ được phát triển để giải quyết những vấn đề trong quá trình phân tích dữ liệu proteomic và phosphoproteomic và được tích hợp trong quy trình xử lý dữ liệu trên cơ sở dữ liệu LymPHOS. Các ứng dụng đều được phát triển theo từng modul và có thể sử dụng độc lập. Những công cụ này được viết bằng ngôn ngữ Perl và Python, hỗ trợ nền tảng Window. Tất cả đều được phát hành theo giấy phép về phần mềm mã nguồn mở và có thể tải về miễn phí từ kho phần mềm ứng dụng của chúng tôi tại GoogleCode.

Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25055762

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *