fbpx

Tổng hợp các công cụ Tin Sinh học dùng trong phân tích metagenomics

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Giới thiệu Biopython - Ngôn ngữ của Tin Sinh học

Khác với dữ liệu genome, dữ liệu metagenome thu được từ công nghệ giải trình tự thế hệ mới lớn hơn, có độ bao phủ thấp hơn và thường không dư thừa thông tin, dẫn đến thời gian phân tích và tỉ lệ lỗi cao hơn nếu sử dụng các công cụ phát triển cho genomics để phân tích dữ liệu metagenome. Ngoài ra, mục đích và ứng dụng của các nghiên cứu metagenomics không giống với genomics, do đó cần có những công cụ riêng để xử lý và khai thác thông tin từ dữ liệu metagenome. Dưới đây là tổng hợp tên và đường dẫn tới một số công cụ phổ biến được dùng trong các bước phân tích chính của metagenomics.

 

1. Lắp ráp metagenome (Metagenome Assembly)

Velvet http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/ 

Celera http://www.cbcb.umd.edu/research/assembly.shtml#software

Metasim(Simulator-used to compare predictions) http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/metasim/welcome.html#Download 

Euler http://nbcr.sdsc.edu/euler/

2. Dự đoán gene (Gene calling)
GeneMark http://exon.gatech.edu/GeneMark/metagenome/Prediction/
FragGeneScan  
http://omics.informatics.indiana.edu/FragGeneScan/
MetaGeneAnnotator 
http://metagene.cb.k.u-tokyo.ac.jp/
Orphelia  
http://orphelia.gobics.de/

3. Phân tích đa dạng loài (Diversity analysis)

MLST http://www.mlst.net/

MOTHUR http://www.mothur.org/

EstimateS http://viceroy.eeb.uconn.edu/EstimateS/

QIIME http://qiime.org/install/virtual_box.html

PHACCS http://phaccs.sourceforge.net/

4. Phân nhóm trình tự (Binning)

ĐỌC THÊM:  Giới thiệu Biopython - Ngôn ngữ của Tin Sinh học

Phân nhóm dựa vào đặc điểm thành phần (Composition-based binning) 

TETRA http://www.megx.net/tetra/index.html

Phylopathia http://cbcsrv.watson.ibm.com/phylopythia.html

Phân nhóm dựa vào độ trùng khớp (Similarity-based binning)
MEGAN http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan/

CARMA http://www.cebitec.uni-bielefeld.de/brf/carma/carma.html

Phymm http://www.cbcb.umd.edu/software/phymm/

5. Chú giải chức năng (Functional Annotation)
MEX
(Motif Extraction) http://adios.tau.ac.il/SPMatch/

MG-RAST http://metagenomics.anl.gov/

RAMMCAP(Rapid analysis of Multiple Metagenomes with Clustering and Annotation Pipeline) 
http://weizhong-lab.ucsd.edu/rammcap/cgi-bin/rammcap.cgi

6. Phân tích so sánh đối chiếu (Comparitive Metagenomics)
MEGAN http://metagenomics.anl.gov/

MG-RAST http://metagenomics.anl.gov/

Camera http://camera.calit2.net/#

ShotgunFunctionalizeR http://shotgun.math.chalmers.se/

UniFrac http://bmf.colorado.edu/unifrac/

MetaStats http://metastats.cbcb.umd.edu/detection.html

Galaxy https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/w/metagenomic-analysis

MetaMine http://www.megx.net/metamine/

MetaLook http://www.megx.net/metalook/index.php

IMG/M http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi

 

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Hệ gen cà phê đã được giải trình tự

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *