Corset: Phương pháp phân tích biểu hiện gene với denovo-assembled transcriptomes

Corset: enabling differential gene expression analysis for de novoassembled transcriptomes

Nadia M Davidson, Alicia Oshlack

Tóm tắt: Giải trình tự thế hệ mới (NGS) cho phép thực hiện nghiên cứu biểu hiện gene trên những loài vi sinh vật không thể nuôi cấy. Trong các nghiên cứu này, không cần đến bộ gen tham chiếu khi thực hiện lắp ráp denovo trên dữ liệu RNA-seq. Tuy nhiên, lắp ráp trancriptome cần số lượng lớn contig và phải được phân nhóm vào gene trước khi chú giải chúng. Trong nghiên cứu này chúng tôi giới thiệu Corset là phương pháp phân cụm các contig theo thứ bậc sử dụng các trình tự và biểu hiện chung, sau đó tóm tắt ma trận khoảng cách, kết quả cho thấy phương pháp Corset cho kết quả tốt hơn phương pháp khác.

Tham khảo

http://genomebiology.com/2014/15/7/410/abstract

{fcomment}