Corset: Phương pháp phân tích biểu hiện gene với denovo-assembled transcriptomes

Corset: enabling differential gene expression analysis for de novoassembled transcriptomes

Nadia M Davidson, Alicia Oshlack

Tóm tắt: Giải trình tự thế hệ mới (NGS) cho phép thực hiện nghiên cứu biểu hiện gene trên những loài vi sinh vật không thể nuôi cấy. Trong các nghiên cứu này, không cần đến bộ gen tham chiếu khi thực hiện lắp ráp denovo trên dữ liệu RNA-seq. Tuy nhiên, lắp ráp trancriptome cần số lượng lớn contig và phải được phân nhóm vào gene trước khi chú giải chúng. Trong nghiên cứu này chúng tôi giới thiệu Corset là phương pháp phân cụm các contig theo thứ bậc sử dụng các trình tự và biểu hiện chung, sau đó tóm tắt ma trận khoảng cách, kết quả cho thấy phương pháp Corset cho kết quả tốt hơn phương pháp khác.

Tham khảo

http://genomebiology.com/2014/15/7/410/abstract

{fcomment}

LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.

ĐỌC THÊM:  Đau nửa đầu và cơ sở di truyền
ĐỌC THÊM:  Bio.Phylo: Một bộ công cụ thống nhất để xử lý, phân tích và vẽ cây phát sinh loài trong Biopyhon

Để lại một bình luận

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *