MỤC LỤC BÀI VIẾT
Giới thiệu về Flye
Flye là một phần mềm lắp ráp bộ gen de novo được thiết kế đặc biệt cho dữ liệu trình tự dài, chẳng hạn như dữ liệu từ công nghệ Oxford Nanopore. Công cụ này hoạt động dựa trên đồ thị de Bruijn và thuật toán heuristic để tái tạo trình tự DNA từ dữ liệu thô. Flye thường được sử dụng để lắp ráp các bộ gen có kích thước từ vi khuẩn đến eukaryote với độ chính xác cao.
Đặc điểm nổi bật của Flye
- Hỗ trợ dữ liệu trình tự dài: Flye được tối ưu hóa để làm việc với dữ liệu từ Oxford Nanopore và PacBio.
- Lắp ráp de novo hiệu quả: Không yêu cầu trình tự tham chiếu, Flye có thể tái tạo bộ gen từ đầu.
- Xử lý lỗi tốt: Nhờ thuật toán điều chỉnh lỗi thông minh, Flye giúp giảm bớt các lỗi phổ biến trong dữ liệu Nanopore.
- Tương thích với nhiều nền tảng: Flye có thể chạy trên Linux và tích hợp dễ dàng vào các pipeline bioinformatics.
Quy trình phân tích dữ liệu từ Oxford Nanopore với Flye
1. Chuẩn bị dữ liệu đầu vào
- Thu thập dữ liệu trình tự từ Oxford Nanopore ở định dạng FASTQ hoặc FASTA.
- Kiểm tra chất lượng dữ liệu để xác định mức độ nhiễu và lỗi trong trình tự.
- Lọc bỏ các đọc trình tự có chất lượng thấp để cải thiện độ chính xác của quá trình lắp ráp.
2. Lắp ráp bộ gen với Flye
- Xác định kích thước bộ gen ước tính để thiết lập các thông số phù hợp.
- Chạy Flye để tiến hành lắp ráp de novo dựa trên dữ liệu trình tự dài.
- Xuất tập tin trình tự lắp ráp để sử dụng cho các bước phân tích tiếp theo.
3. Đánh giá kết quả lắp ráp
- Kiểm tra độ dài và chất lượng của bộ gen lắp ráp.
- So sánh trình tự lắp ráp với dữ liệu tham chiếu (nếu có) để xác định mức độ chính xác.
- Sử dụng các công cụ đánh giá như QUAST để kiểm tra độ hoàn thiện của bộ gen.
4. Đánh bóng (Polishing) để cải thiện độ chính xác
- Sử dụng dữ liệu trình tự ngắn có độ chính xác cao để hiệu chỉnh lỗi.
- Áp dụng các công cụ đánh bóng để sửa lỗi trình tự và cải thiện chất lượng bộ gen lắp ráp.
- Đánh giá lại sau quá trình đánh bóng để đảm bảo độ chính xác cao hơn.
Kết luận
Flye là một công cụ mạnh mẽ giúp lắp ráp bộ gen từ dữ liệu trình tự dài của Oxford Nanopore. Khi kết hợp với các bước xử lý dữ liệu phù hợp, Flye có thể mang lại kết quả chính xác và đáng tin cậy cho các dự án lắp ráp bộ gen.
LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.
