de novo assembly (còn có thể hiểu là de novo sequencing) là phương pháp xây dựng một hệ gen hoàn toàn mới từ rất nhiều đoạn trình tự ngắn (DNA fragments/short-reads) mà không có bất kỳ thông tin nào trước đó về hệ gen chiếu hoặc thứ tự của các đoạn trình tự.