Reactome là một công cụ, nền tảng hỗ trợ người dùng thực hiện các công việc như phân tích, trực quan hóa và diễn giải dữ liệu sinh học, đặc biệt là trong nghiên cứu về các con đường sinh học (biological pathways).
Ứng dụng của Reactome?
Reactome được sử dụng trong nhiều lĩnh vực như:
- Phân tích dữ liệu từ các nghiên cứu bộ gen và protein
-
- Diễn giải dữ liệu từ RNA-seq, proteomics, metabolomics để xác định các con đường sinh học bị ảnh hưởng.
- Hỗ trợ so sánh biểu hiện gen giữa mẫu bệnh và mẫu bình thường.
- Tìm hiểu về mối liên hệ giữa gen và bệnh lý.
- Xây dựng mô hình dự đoán bệnh lý và nghiên cứu thuốc
- Xác định các con đường sinh học liên quan đến bệnh như ung thư, rối loạn chuyển hóa, bệnh truyền nhiễm.
- Hỗ trợ nghiên cứu cơ chế tác động của thuốc và phân tử nhỏ trên các con đường sinh học.\
- Phát triển và kiểm tra thuật toán tin sinh học
- Dữ liệu từ Reactome có thể được sử dụng để đào tạo mô hình AI/ML trong sinh học.
- Hỗ trợ tạo mô hình mạng lưới tương tác sinh học cho nghiên cứu hệ thống sinh học.
- Giáo dục và giảng dạy
- Cung cấp một bản đồ trực quan về các con đường sinh học, giúp sinh viên và nhà nghiên cứu dễ dàng hiểu về các quá trình sinh học phức tạp.
- Liên kết với các tài liệu khoa học, hỗ trợ tìm kiếm thông tin từ PubMed, UniProt, Ensembl…
Hình ảnh minh họa về con đường xâm nhập của virus SARS-COVID vào trong tế bào người được xây dựng bởi Reactome
Ai có thể sử dụng Reactome?
- Nhà nghiên cứu sinh học, bác sĩ, nhà khoa học dữ liệu để phân tích dữ liệu bộ gen.
- Giáo viên, sinh viên để tìm hiểu về sinh học hệ thống.
- Nhà phát triển phần mềm tin sinh học để xây dựng công cụ phân tích dữ liệu sinh học.
Cách sử dụng Reactome
Dưới đây là giới thiệu về một số cách để sử dụng reactome. Ngoài ra, để hiểu rõ hơn cũng như tận dụng tối đa chức năng của công cụ này, bạn đọc có thể tham khảo qua đường dẫn sau Userguide – Reactome Pathway Database
- Trực quan hóa và tìm kiếm con đường sinh học trên bộ dữ liệu có sẵn
- Truy cập Reactome website.
- Nhập tên gen, protein hoặc con đường sinh học vào thanh tìm kiếm để xem thông tin chi tiết.
- Nhấp vào các thành phần trên bản đồ để xem dữ liệu cụ thể về protein, enzyme, phân tử nhỏ…
- Phân tích dữ liệu với công cụ Analysis Tools
- Vào mục Analysis Tools trên trang chủ Reactome.
- Tải lên danh sách gen hoặc protein từ thí nghiệm RNA-seq hoặc proteomics.
- Reactome sẽ hiển thị các con đường sinh học có liên quan và giúp xác định các quá trình sinh học quan trọng.
- Tải dữ liệu về để phân tích chuyên sâu
- Dữ liệu Reactome có thể tải về dưới các định dạng như Neo4j GraphDB, MySQL, BioPAX, SBML, PSI-MITAB…
- Các nhà nghiên cứu có thể sử dụng Reactome API để tích hợp dữ liệu vào các công cụ phân tích bioinformatics.
- Cài đặt Reactome cục bộ để nghiên cứu
- Có thể tải xuống phần mềm và cài đặt Reactome trên máy chủ nội bộ để thực hiện curation (biên tập dữ liệu) hoặc tích hợp vào các nghiên cứu tin sinh học lớn.
LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.
