Mothur là một phần mềm Tin sinh học miễn phí và mã nguồn mở được sử dụng trong phân tích dữ liệu 16S metagenomics. Nó cung cấp một loạt các công cụ và chức năng để thực hiện các bước khác nhau trong việc phân tích dữ liệu 16S metagenomics, bao gồm xử lý dữ liệu, phân loại định danh, phân tích đa dạng và phân tích phân tích chức năng.
Các bước chính trong pipeline của Mothur gồm:
- Preprocessing: Mothur hỗ trợ các công cụ để loại bỏ các read có chất lượng thấp, sửa lỗi sequencing, loại bỏ các chimeric reads và tạo các tập dữ liệu chuẩn cho các bước phân tích tiếp theo tiếp theo.
- Phân tích đa dạng: Mothur cung cấp các công cụ để tính toán các chỉ số đa dạng, bao gồm độ phong phú, chỉ số Shannon và chỉ số Simpson.
- Phân loại định danh loài: Mothur hỗ trợ các công cụ phân loại định danh loài dựa trên các cơ sở dữ liệu tham chiếu, bao gồm Greengenes và RDP.
- Phân tích chức năng: Mothur có thể sử dụng các công cụ của PICRUSt để dự đoán chức năng của các vi khuẩn từ dữ liệu 16S metagenomics.
Mothur cũng cung cấp các tính năng hỗ trợ đồ họa và thống kê cho việc phân tích dữ liệu, bao gồm đồ thị PCA, biểu đồ đường thời gian và phân tích ANOVA.
Tuy nhiên, có một số nhược điểm của Mothur, bao gồm việc thiếu tính linh hoạt trong việc sử dụng các công cụ và thuật toán, đặc biệt là so với QIIME. Ngoài ra, việc sử dụng Mothur cũng yêu cầu có kiến thức chuyên môn trong lĩnh vực sinh học phân tử và vi sinh vật học.
LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.
