Phân tích hệ phiên mã rễ của nhân sâm mỹ qua các thời kỳ sinh trưởng khác nhau

The root transcriptome for North American ginseng assembled and profiled across seasonal development.

Wu D¹, Austin RS, Zhou S, Brown D

Bối cảnh: Nhân sâm trong đó có sâm Mỹ (Panax quinquefolius L.) là một trong những dược liệu phổ biến trên thế giới. Từ ngàn đời nay con người đã sử dụng nhân sâm vì sự đa dạng của hợp chất ginsenosides bên trong nhân sâm. Mặc dù vậy, nguồn dữ liệu hệ gen và những con đường chuyển hóa xung quanh hợp chất này đến nay vẫn còn khá ít ỏi. Rễ là bộ phận chính được thu hoạch để tách chiết ginsenoside, giải trình tự thế hệ mới được áp dụng nhằm xây dựng một hệ phiên mã hoàn chỉnh cho rễ nhân sâm qua các giai đoạn phát triển khác nhau.

Kết quả: RNA được tách chiết từ rễ ở 7 thời kỳ sinh trưởng khác nhau của nhân sâm Mỹ sau đó được máy 454 giải trình tự, sàng lọc chất lượng và lắp ráp de novo, kết quả thu được 41623 transcripts. Bằng việc sử dụng các cơ sở dữ liệu khác nhau nhóm nghiên cứu đã chú giải được 34801 transcripts (84%). Trong đó có 3955 genes được chú giải trong các con đường chuyển hóa khác nhau của KEGG. Trong kết quả này, nhóm nghiên cứu đã tìm thấy toàn bộ enzyme đóng vai trò chính trong con đường chuyển hóa ginsenoside.

Kết luận: Quá trình lắp ráp đã tạo ra được một tham chiếu hoàn hảo cho những nghiên cứu tiếp theo về nhân sâm Mỹ. Bên cạnh đó cũng phát hiện được nững gene đóng vai trò trong chuyển hóa ginsenoside. Dữ liệu từ nghiên cứu này sẽ là nguồn thông tin quan trọng cho những phân tích tiếp theo về tổng hợp ginsenosides trong dược học

Link:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23957709