Quy trình xác định đột biến hệ gen

Hiện nay, Chúng tôi đã cài đặt, thử nghiệm thành công quy trình phân tích, xác định và đánh giá đột biến gen SNP/INDEL từ dữ liệu đọc trình tự thế hệ mới với các thiết bị đọc trình tự khác nhau như Illumina MiSeq/HiSeq, ionTorrent PGM, với các giai đoạn như sau:

Giai đoạn 1: Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu bằng cách loại bỏ các trình tự có chất lượng thấp.

Giai đoạn 2: reference maping và variant calling. Ở giai đoạn này, dữ liệu trình tự NGS được ánh xạ vào reference bằng 03 phần mềm khác nhau: Bowtie2, novoalign, BWA. Với mỗi kết quả ánh xạ, áp dụng công cụ Samtools để xác định đột biến. Như vậy, sẽ có 03 files kết quả liệt kê các đột biến.

Giai đoạn 3: Xác định đột biến. Tìm ra các đột biến mà có mặt trong cả 03 file kết quả đột biến ở giai đoạn 2.

Giai đoạn 4: Dự đoán ảnh hưởng của đột biến tới chức năng gene.

Xem hình minh họa quy trình.

Kết quả minh hoạ với việc xác định đột biến trên gen ABL1. Dữ liệu trình tự NGS của mẫu ABL1 được ánh xạ với trình tự gen ABL1 từ NCBI bằng 03 phần mềm khác nhau: Bowtie2, BWA, Novoalign sau đó xác định đột biến gen với SAMTOOLs cho từng bộ dữ liệu. Sử dụng Integrative Genome Viewer để trực quan hoá. Các công cụ phân tích downstream do LoBi phát triển.