Pipeline phân tích 16S/ITS metagenomics phổ biến

Có nhiều pipeline được sử dụng để phân tích dữ liệu 16S/ITS metagenomics, tùy thuộc vào mục đích và tính năng của từng pipeline. Dưới đây là một số pipeline phổ biến được sử dụng nhiều trong phân tích 16S/ITS metagenomics: QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology): QIIME là một...

Best practices trong phân tích 16S/ITS metagenomics

Kiểm soát chất lượng dữ liệu đọc trình tự: Kiểm soát chất lượng là một bước cần thiết trong phân tích dữ liệu metagenomic 16S. Nó bao gồm lọc các read có chất lượng lượng thấp, loại bỏ các read có độ dài ngắn, cắt các chuỗi adapter và loại...

Những ứng dụng nổi trội của 16S amplicon sequencing?

16S amplicon sequencing là một công cụ quan trọng trong vi sinh học và đã được sử dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực khác nhau. Sau đây là những ứng dụng nổi trội của metagenomic 16S: Nghiên cứu vi sinh vật đồng sinh: 16S amplicon sequencing được sử dụng...

Xu hướng nghiên cứu và ứng dụng 16S amplicon sequencing trong những năm qua?

Trong những năm gần đây, nghiên cứu và ứng dụng của 16S amplicon sequencing đã phát triển mạnh mẽ và có nhiều xu hướng như sau: Sự phát triển của công nghệ NGS (Next-Generation Sequencing) đã giúp tăng đáng kể độ phân giải và khả năng xác định các loài...

Metagenomics: Chọn V1V2 hay V3V4?

Sau khi đăng bài Phân tích metagenomics: 16S, 18S, ITS hay shotgun?, chúng tôi tiếp tục nhận được câu hỏi: Nên chọn V1V2 hay V3V4 cho nghiên cứu metagenomics? Như các bạn đã biết, 16S rRNA được sử dụng để phân tích đa dạng của các loài vi khuẩn hoặc...