Có nhiều pipeline được sử dụng để phân tích dữ liệu 16S/ITS metagenomics, tùy thuộc vào mục đích và tính năng của từng pipeline. Dưới đây là một số pipeline phổ biến được sử dụng nhiều trong phân tích 16S/ITS metagenomics:
- QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology): QIIME là một công cụ phần mềm phổ biến được sử dụng để phân tích dữ liệu metagenomic. Nó hỗ trợ nhiều bước phân tích, bao gồm xử lý dữ liệu, phân tích đa dạng sinh học, phân tích chức năng, và hiển thị kết quả.
- mothur: mothur là một công cụ phần mềm phổ biến khác được sử dụng để phân tích dữ liệu metagenomic. Nó cung cấp một loạt các chức năng phân tích, bao gồm xử lý dữ liệu, phân tích đa dạng sinh học, và phân tích chức năng.
- UPARSE: UPARSE là một pipeline phân tích dữ liệu 16S/ITS metagenomics được sử dụng phổ biến, bao gồm các bước xử lý dữ liệu, phân đoạn và phân loại.
- DADA2: DADA2 là một công cụ phần mềm phân tích dữ liệu metagenomic mới nhất, sử dụng mô hình sinh học để xác định các đoạn DNA thực sự hiện diện trong mẫu.
- MG-RAST: MG-RAST là một công cụ phần mềm phân tích dữ liệu metagenomic trực tuyến, cung cấp nhiều tính năng phân tích, bao gồm xử lý dữ liệu, phân tích đa dạng sinh học, và phân tích chức năng.
Các pipeline phân tích này đều có ưu điểm và nhược điểm riêng, tùy thuộc vào mục đích và tính năng của từng pipeline. Việc lựa chọn pipeline phù hợp để phân tích dữ liệu 16S/ITS metagenomics còn phụ thuộc vào kinh nghiệm và kiến thức của người sử dụng.
LOBI Vietnam là công ty tiên phong trong lĩnh vực Đọc trình tự gen thế hệ mới NGS (Next Generation Sequencing) và Phân tích Tin sinh học. Liên hệ hotline/Zalo 092.510.8899 để biết thêm chi tiết.
