Tổng kết Webinar 01 | Metagenomics: xu thế, thuận lợi và khó khăn

Ngày 16 tháng 4 năm 2022, LOBI Việt Nam đã tổ chức thành công Webinar 01 với chủ đề Metagenomics: xu thế, thuận lợi và khó khăn do NCS. Phạm Quang Huy trình bày. Webinar đã thu hút được hơn 200 lượt đăng ký tham dự, với đối tượng người quan tâm đang sinh sống và làm việc tại nhiều quốc gia khác ngoài Việt Nam. Buổi hội thảo cũng đã nhận được rất nhiều những lời bình luận tích cực và sự hưởng ứng nhiệt tình của những người tham gia.

LOBI xin chân thành cảm ơn các Anh/Chị đã quan tâm theo dõi webinar. Dù chúng tôi đã cố gắng sắp xếp và tổ chức vào thời gian phù hợp nhất, nhiều quý khán giả vì công việc cá nhân nên vẫn không thể tham dự webinar.

Do vậy, LOBI xin được chia sẻ video ghi hình buổi hội thảo cho những ai quan tâm.

Phần Q&A của Webinar đã diễn ra sôi nổi với các câu hỏi và trả lời được LOBI ghi lại như sau:

Q1: Có thể ứng dụng metagenomics trở thành một loại xét nghiệm cho người bệnh hay không? Những khó khăn có thể gặp phải đối với công việc trên là gì?

Trả lời: Việc ứng dụng metagenomics trong xét nghiệm lâm sàng gặp nhiều khó khăn như thời gian giải trình tự lâu, cơ sở dữ liệu chưa hoàn thiện, năng lực tính toán của máy tính hay các công cụ phù hợp. Ngoài ra, chi phí cho việc giải trình tự shotgun metagenomics là tương đối lớn.

Q2: Nên sử dụng dữ liệu giải trình tự 16S hay shotgun metagenomics để xác định chức năng của hệ vi sinh vật?

Trả lời: Giải trình tự shotgun metagenomics cung cấp cho chúng ta bộ dữ liệu đầy đủ hơn về hệ gen của các vi sinh vật được nghiên cứu, từ đó có thể xác định được trình tự protein của vi sinh vật và chức năng của chúng. Dữ liệu giải trình tự 16S rRNA chỉ cho ta trình tự các vùng của gen 16S rRNA để từ đó xác định thành phần vi sinh vật. Việc dự đoán chức năng của hệ vi sinh vật thông qua hồ sơ thành phần loài là có thể, nhưng kết quả sẽ không chính xác bằng việc sử dụng dữ liệu giải trình tự shotgun metagenomics.

Q3: Nên thực hiện giải trình tự với một cặp mồi hay nhiều cặp mồi cho gen 16S rRNA?

Trả lời: Thông thường, sử dụng một cặp mồi để giải trình tự một vùng của gen 16S rRNA là đủ để giúp chúng ta xác định thành phần vi sinh vật, đồng thời giúp tiết kiệm chi phí hơn đáng kể so với việc giải trình tự sử dụng nhiều cặp mồi.

Q4: Sử dụng OTU hay ASV cho kết quả tốt hơn khi phân tích metagenomics?

Trả lời: Phương pháp sử dụng ASV có nhiều ưu điểm hơn, đặc biệt là khi xử lý các mẫu có độ phong phú thấp.

Q5: Các cơ sở dữ liệu hiện nay có đủ để thực hiện phân tích metagenomics trên các mẫu môi trường và sinh vật khác (không phải con người) hay không?

Trả lời: Các cơ sở dữ liệu hệ gen và protein hiện nay là đủ để người nghiên cứu thực hiện phân tích metagenome từ các mẫu trong môi trường cũng như các sinh vật khác. Các cơ sở dữ liệu cũng đang được cập nhật liên tục và được hỗ trợ bởi sự phát triển của công nghệ giúp cho chi phí đọc trình tự ngày càng giảm.

LOBI là công ty cung cấp dịch vụ Giải trình tự gen thế hệ mới, Sanger và Phân tích Tin Sinh học.

Chân thành cảm ơn và hẹn gặp lại mọi người tại Webinar 02, dự kiến diễn ra vào tháng 5 sắp tới.

Trả lời

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *