Best practice trong lấy mẫu metagenomics

Việc lấy mẫu là một bước quan trọng trong phân tích metagenomics, và có thể gặp phải một số vấn đề sau đây: Sự đa dạng của mẫu: Mẫu metagenomics có thể bao gồm nhiều loại vi sinh vật khác nhau, bao gồm cả vi khuẩn, nấm, vi rút và...

Phân tích 16S metagenomics với MOTHUR

Mothur là một phần mềm Tin sinh học miễn phí và mã nguồn mở được sử dụng trong phân tích dữ liệu 16S metagenomics. Nó cung cấp một loạt các công cụ và chức năng để thực hiện các bước khác nhau trong việc phân tích dữ liệu 16S metagenomics,...

Phân tích metagenomics với QIIME

Quy trình phân tích QIIME QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) là một pipeline Tin sinh học phổ biến để phân tích dữ liệu metagenomic. Đây là một phần mềm miễn phí và mã nguồn mở cung cấp một bộ công cụ toàn diện để thực hiện kiểm soát chất...

Pipeline phân tích 16S/ITS metagenomics phổ biến

Có nhiều pipeline được sử dụng để phân tích dữ liệu 16S/ITS metagenomics, tùy thuộc vào mục đích và tính năng của từng pipeline. Dưới đây là một số pipeline phổ biến được sử dụng nhiều trong phân tích 16S/ITS metagenomics: QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology): QIIME là một...

Best practices trong phân tích 16S/ITS metagenomics

Kiểm soát chất lượng dữ liệu đọc trình tự: Kiểm soát chất lượng là một bước cần thiết trong phân tích dữ liệu metagenomic 16S. Nó bao gồm lọc các read có chất lượng lượng thấp, loại bỏ các read có độ dài ngắn, cắt các chuỗi adapter và loại...