Blog

MetaPhlAn – công cụ phân tích shotgun metagenomics

MetaPhlAn được phát triển bởi Huttenhower Lab tại Đại học Harvard và miễn phí cho việc sử dụng học thuật và phi thương mại. MetaPhlAn là một công cụ Tin sinh học để phân tích hỗn hợp vi sinh vật (Bacteria, Archaea và Eukaryotes) từ dữ liệu đọc trình tự...

Shotgun metagenomics: hiểu rõ về hệ vi sinh vật

Giới thiệu Các cộng đồng vi sinh vật là những hệ sinh thái phức tạp và đa dạng đóng vai trò quan trọng trong nhiều khía cạnh của cuộc sống, từ việc duy trì sức khỏe cho đến đẩy mạnh quá trình sinh hóa địa hóa trong môi trường. Việc...

Phân tích 16S metagenomics với MOTHUR

Mothur là một phần mềm Tin sinh học miễn phí và mã nguồn mở được sử dụng trong phân tích dữ liệu 16S metagenomics. Nó cung cấp một loạt các công cụ và chức năng để thực hiện các bước khác nhau trong việc phân tích dữ liệu 16S metagenomics,...

Phân tích metagenomics với QIIME

Quy trình phân tích QIIME QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) là một pipeline Tin sinh học phổ biến để phân tích dữ liệu metagenomic. Đây là một phần mềm miễn phí và mã nguồn mở cung cấp một bộ công cụ toàn diện để thực hiện kiểm soát chất...

Pipeline phân tích 16S/ITS metagenomics phổ biến

Có nhiều pipeline được sử dụng để phân tích dữ liệu 16S/ITS metagenomics, tùy thuộc vào mục đích và tính năng của từng pipeline. Dưới đây là một số pipeline phổ biến được sử dụng nhiều trong phân tích 16S/ITS metagenomics: QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology): QIIME là một...

Best practices trong phân tích 16S/ITS metagenomics

Kiểm soát chất lượng dữ liệu đọc trình tự: Kiểm soát chất lượng là một bước cần thiết trong phân tích dữ liệu metagenomic 16S. Nó bao gồm lọc các read có chất lượng lượng thấp, loại bỏ các read có độ dài ngắn, cắt các chuỗi adapter và loại...

Những ứng dụng nổi trội của 16S amplicon sequencing?

16S amplicon sequencing là một công cụ quan trọng trong vi sinh học và đã được sử dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực khác nhau. Sau đây là những ứng dụng nổi trội của metagenomic 16S: Nghiên cứu vi sinh vật đồng sinh: 16S amplicon sequencing được sử dụng...

Xu hướng nghiên cứu và ứng dụng 16S amplicon sequencing trong những năm qua?

Trong những năm gần đây, nghiên cứu và ứng dụng của 16S amplicon sequencing đã phát triển mạnh mẽ và có nhiều xu hướng như sau: Sự phát triển của công nghệ NGS (Next-Generation Sequencing) đã giúp tăng đáng kể độ phân giải và khả năng xác định các loài...

16S amplicon sequencing là gì?

16S amplicon sequencing còn được gọi là Metagenomic 16S, 16S rRNA gene sequencing hoặc 16S ribosomal RNA sequencing. Nó là một phương pháp phổ biến trong việc phân tích đa dạng vi khuẩn trong các mẫu sinh thái học bằng cách phân tích các đoạn gen 16S rRNA có mặt...

BIC23: Khóa học Phân tích Metagenomics: 16S và Shotgun

Giới thiệu khóa học Khóa học BIC23: Phân tích Metagenomics: 16S và Shotgun tập trung cung cấp cho học viên cái nhìn tổng quan về phân tích dữ liệu metagenomics, đồng thời tạo điều kiện để học viên trực tiếp thực hành những pipeline cơ bản trong phân tích đa...