Thuật toán chuẩn cho trình tự Amplicon 16S rRNA

Phân tích đánh giá toàn diện và không thiên vị về tám thuật toán xử lý dữ liệu trình tự 16S rRNA amplicon, bao gồm cả các phương pháp dựa trên Đơn vị Phân loại Thực nghiệm (OTUs) và Biến thể Chuỗi Amplicon (ASVs). Các nhà nghiên cứu đã sử...

Có cần một giao thức phân tích trình tự khuếch đại gen 16S rRNA chuẩn hóa cho nghiên cứu hệ vi sinh vật gia cầm không?

  Giới thiệu Hệ vi khuẩn đường tiêu hóa (GIT) là thành phần chính trong sức khỏe, dinh dưỡng, điều hòa sinh lý, phát triển ruột và tăng trưởng của gia cầm. Trong hai thập kỷ qua, việc phát triển và chi phí thấp hơn của công nghệ giải trình...

So sánh các quy trình tin sinh học và hệ điều hành trong phân tích trình tự amplicon gen 16S rRNA từ mẫu phân người

TÓM TẮT Giải trình tự amplicon gen ribosome RNA 16S (16S rRNA) bằng công nghệ giải trình tự thông lượng cao (HTS) hiện đang là phương pháp phổ biến nhất để khảo sát cộng đồng vi sinh vật đường ruột phức tạp. Tuy nhiên, kết quả nhận diện vi khuẩn...

So sánh hiệu quả của đoạn đọc 16S rRNA ngắn và dài trong phân tích quần xã vi sinh vật dạ cỏ bò thông qua các nền tảng giải trình tự Illumina MiSeq và Pacific Biosciences RSII

Tóm tắt Công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS) đã cách mạng hóa phương pháp phân tích gen 16S rRNA trong các nghiên cứu sinh thái vi sinh vật. Hiện có ba công nghệ chủ đạo cho việc giải trình tự 16S quy mô lớn, mỗi công nghệ...

PCVR: Một Biểu diễn Thị giác Theo ngữ cảnh Được Huấn luyện Trước để Phân loại Trình tự DNA

Mở đầu Việc phân loại trình tự DNA là một nhiệm vụ cực kỳ quan trọng trong tin sinh học, đóng vai trò thiết yếu trong việc hiểu và xác định sự khác biệt di truyền giữa các loài khác nhau. Điều này thúc đẩy nghiên cứu và bảo tồn...

Suy luận mạng lưới điều hòa gen sử dụng mạng nơ-ron tích chập đồ thị dựa trên tái cấu trúc đặc trưng nguyên nhân – kết quả

Giới thiệu và Vấn đề cần giải quyết Mạng lưới điều hòa gen (GRN) mô tả các mối quan hệ điều hòa phức tạp giữa các gen và là một trong những công cụ chính giúp các nhà nghiên cứu phân tích và hiểu các quá trình sinh học ở...

Tóm tắt Nghiên cứu PLM-ATG về Xác định Protein Tự Thực

  Tổng quan và đặt vấn đề Tự thực bào (Autophagy) là một con đường lysosomal được bảo tồn tiến hóa và điều chỉnh chặt chẽ, giúp phân giải các đại phân tử như protein, glycogen, lipid và nucleotide. Quá trình tự thực bào được điều hòa chặt chẽ bởi...