Metagenomics với Thiết bị giải trình tự gen thế hệ mới (NGS)
Các vi sinh vật là rất cần thiết cho các hoạt động của sinh quyển (Falkowski et. al., 2008). Tuy nhiên, mức độ hiểu biết các chủ đề chính như mức độ đa dạng và phân bố, tương tác sinh thái, lịch sử tiến hóa và trao đổi chất cộng...
Các vấn đề thường gặp khi lắp ráp hệ gen
Sequencing error: Có thể xảy ra trong giai đoạn giải trình tự. Một số máy giải trình tự có thể thêm vào hoặc lamf mất đi một vài base (tỷ lệ thực tế 1% đến 5%) dẫn đến trình tự có sai sót. Sequencing error Ligation error: Xảy ra trong...
Hội nghị NAFOSTED lần thứ nhất về Khoa học Thông tin và Máy tính
Nhằm mục đích thúc đẩy hoạt động công bố khoa học trong nước và tạo diễn đàn trao đổi học thuật có chất lượng cao giữa các nhà khoa học, Quỹ Phát triển Khoa học và Công nghệ Quốc gia (NAFOSTED) quyết định tổ chức hội nghị thường niên về...
Lập bản đồ Nhiễm sắc thể như thế nào?
Sau khi lắp ráp contigs, scaffold (assembly), một câu hỏi đặt ra là làm thế nào để sắp xếp các contigs, scaffolds theo đúng hướng, đúng trật tự thành các nhiễm sắc thể. Để thực hiện việc này, chúng ta cần thêm một số thông tin, và lưu ý rằng...
Đảm bảo chất lượng hệ gen
Đảm bảo chất lượng của việc lắp ráp hệ gen và chú giải hệ gen là rất quan trọng, nếu chất lượng thấp thì nó sẽ gây ra nhiều hậu quả bởi vì sẽ có nhiều nhóm nghiên cứu khác sử dụng hệ gen này làm tham chiếu cho việc...
Thông báo Tuyển thực tập sinh
Hiện nay, phòng Tin sinh học đang có nhu cầu tuyển thực tập sinh tham gia dự án xây dựng bản đồ hệ gen. Các thực tập sinh sẽ được đào tạo, hướng dẫn và thực tập các công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới (Next Generation Sequencing),...
Lắp ráp Contig (contig assembly)
Một contig là một đoạn trình tự liên tục có được từ việc lắp ráp các đoạn read có vùng trùng lặp với nhau, các đoạn read này được tạo ra khi sử dụng phương pháp giải trình tự từ dưới lên (bottom-up). Với phương pháp giài trình tự từ...
Lập bản đồ genome
Với sự phát triển nhanh chóng của kỹ thuật giải trình tự, chi phí giải trình tự gen giảm rất nhanh trong những năm tử 2008 đến 2012. Chi phí để giải mã 1Mb và Genome giảm tương ứng là 100,000 và 10,000 lần (Kris Wetterstrand, DNA Sequencing Costs, http://www.genome.gov/sequencingcosts/...
Phát triển thành công quy trình lắp ráp bộ gen mới
Viện Genome hợp tác cùng với Bộ Năng Lượng Hoa Kỳ (DOE JGI) là một trong những tổ chức hàng đầu thế giới về giải trình tự bộ gen của vi khuẩn, tập trung vào các ứng dụng tiềm năng của chúng trong lĩnh vực năng lượng sinh học và...
Khác biệt giữa Dự đoán gen và Chú giải gen khi lập bản đồ gen
Mặc dù thuật ngữ ‘Dự đoán gen’ (gene prediction) và ‘chú giải gene’ (gene annotation) thường đượ sử dụng giống nhau nhưng thực ra thì chúng khác nhau. Ngoại trừ một số ngoại lệ, các chương trình dự đoán gen (gene predictor) tìm các đoạn trình tự có khả năng...
