Phản ứng của hệ động học vi sinh vật đối với sự nhiễm khuẩn của vật chủ

Dynamics of the Microbiota in Response to Host Infection Author(s): Clara Belzer, Georg K. Gerber, Guus Roeselers, Mary Delaney, Andrea DuBois, Qing Liu, Vera Belavusava, Vladimir Yeliseyev, Andres Houseman, Andrew Onderdonk, Colleen Cavanaugh, Lynn Bry Tóm tắt: Các nghiên cứu về vi sinh vật theo dòng thời gian đóng vai trò quan...

Lựa chọn phân loài và chức năng cộng đồng vi sinh vật có mặt trong rễ đậu tương

Taxonomical and functional microbial community selection in soybean rhizosphere. Mendes LW1, Kuramae EE2, Navarrete AA1, van Veen JA3, Tsai SM4. Thí nghiệm này đề cập đến sự chọn lọc quần thể vi sinh vật trong vùng rễ của đậu tương có mặt phần lớn ở vùng đất trồng đậu tương...

Metavir: công cụ so sánh metagenome virus và phân tích lắp ráp virome

Metavir 2: new tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis Tác giả: Simon Roux, Jeremy Tournayre, Antoine Mahul, Didier Debroas và François Enault Bối cảnh: Metagenomic, cơ sở dựa trên giải trình tự các gen biểu hiện tính chất đặc trưng loài, đó là cách tốt nhất để...

MAKER2: công cụ chú thích và quản lý dữ liệu bộ gen dành cho dữ liệu giải trình tự thế hệ mới

MAKER2: an annotation pipeline and genome-database management tool for second-generation genome projects Tác giả: Carson Holt và Mark Yandell Công nghệ giải trình tự thế hệ thứ hai tạo ra những thay đổi lớn về loại gen được giải trình tự và cách thức chúng được chú giải. Đây là...

Phân tích hệ phiên mã rễ của nhân sâm mỹ qua các thời kỳ sinh trưởng khác nhau

The root transcriptome for North American ginseng assembled and profiled across seasonal development. Wu D1, Austin RS, Zhou S, Brown D Bối cảnh: Nhân sâm trong đó có sâm Mỹ (Panax quinquefolius L.) là một trong những dược liệu phổ biến trên thế giới. Từ ngàn đời nay con người...

DNAApp: ứng dụng di động phân tích dữ liệu giải trình tự

DNAApp: a mobile application for sequencing data analysis Tác giả: Nguyen PV, Verma CS và Gan SK  Tóm tắt: Đã có khá nhiều ứng dụng được phát triển để giải mã và hình ảnh hóa những file trình tự DNA ab1 trên nền tảng Window và MAC, nhưng chưa có...

Sử dụng Galaxy để thực hiện phân tích dữ liệu trên quy mô lớn

Using Galaxy to Perform Large-Scale Interactive Data Analyses Tác giả: Jennifer Hillman-Jackson, Dave Clements, Daniel Blankenberg, James Taylor, Anton Nekrutenko và the Galaxy Team Tóm tắt: Những tiến bộ trong công nghệ nghiên cứu y sinh đã cung cấp một nguồn lớn dữ liệu genomic thông lượng cao cho việc phân...

Tập hợp các công cụ mã nguồn mở để khai thác dữ liệu khối phổ

A collection of open source applications for mass spectrometry data mining. Gallardo O1, Ovelleiro D, Gay M, Carrascal M, Abian J. Chúng tôi sẽ trình bày một số ứng dụng tin sinh học để xác định và đánh giá thành phần phosphoproteome bằng khối phổ. Những công cụ được giới...

PRADA: Quy trình phân tích dữ liệu RNA-seq

PRADA: pipeline for RNA sequencing data analysis. Torres-García W, Zheng S, Sivachenko A, Vegesna R, Wang Q, Yao R, Berger MF, Weinstein JN, Getz G, Verhaak RG. Tóm tắt: Công nghệ giải trình tự hiệu năng cao ngày càng phát triển  đòi hỏi các công cụ phần mềm đi kèm...

Tổng quan về giải trình tự thế hệ mới và ứng dụng metagenomics để phân tích mối tương quan giữa thực vật và vi khuẩn

Công nghệ giải trình tự thế hệ mới ( NGS) cho phép tạo ra một số lượng lớn dữ liệu với giá thành thấp hơn rất nhiều so với các công nghệ giải trình tự truyền thống, từ đó số lượng các nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực sinh...