Phân tích phát sinh loài và so sánh trình tự của vi khuẩn sinh Alpha Amylase bền nhiệt thuộc các giới Archea, Prokaryotes và Eukaryotes

Tác giả: Huma T1, Maryam A1, Rehman SU2, Qamar MT1, Shaheen T1, Haque A1, Shaheen B1 Alpha amylase nói chung được định nghĩa là nhóm enzyme có khả năng thủy phân liên kết alpha của các polysaccharide. Để phân tích và so sánh các nhóm alpha amylase, trình tự nucleotide...

Giải trình tự thế hệ mới phải bị loại bỏ (phần 3) – câu chuyện về tiêu đề

Tiếp tục loại bài viết về cách sử dụng thuật ngữ “giải trình tự thế hệ mới” (NGS). Trong buổi sáng hôm nay, tôi xin đưa ra so sánh 2 bài báo: De Novo Assembly and Annotation of Salvia splendens Transcriptome Using the Illumina Platform — Ge et al. PLOS ONE RepARK—de...

Giới thiệu Biopython – Ngôn ngữ của Tin Sinh học

Biopython là gì? Dự án Biopython là 1 tổ chức quốc tế của những lập trình viên sử dụng công cụ Python (http://www.python.org) trong lĩnh vực sinh học phân tử. Python là một ngôn ngữ lập trình hướng đối tượng, thông dịch, và linh hoạt nên đã trở nên phổ...

Tốc độ chóng mặt của việc đánh mất dữ liệu trong khoa học

Trên những căn gác mái, trong thùng carton vương vãi trong garage hay những chiếc đĩa mềm đã không còn được sử dụng từ lâu – đây chỉ là một số trong những nơi các nhà nghiên cứu thừa nhận đã dùng để lưu trữ các dữ liệu cũ. Điều...

Phần mềm miễn phí trong tin sinh học

Phần mềm miễn phí là gì? Khi Linus Torvalds và Richard M.Stallman phát triển nhân Linux và dự án GNU, có lẽ họ cũng không lường trước được tầm quan trọng của công việc mình làm. Hệ điều hành GNU/Linux được tạo ra năm 1992 bằng cách kết hợp hai...

Giải trình tự thế hệ mới phải bị loại bỏ (phần 2) – sự rắc rối giữa các thế hệ

Như đã đăng trong bài viết trước đây của tôi về vấn đề thuật ngữ giải trình tự thế hệ mới phải được loại bỏ, trong bài viết này tôi muốn làm rõ giải trình tự thế hệ mới phải liên quan đến các công nghệ Illumina, 454, SOLiD, Helicos,...

Hệ gen cà phê đã được giải trình tự

Hệ gen cà phê lần đầu tiên được giải trình tự đã giúp chúng ta có cái nhìn gợi mở hơn về hương vị và những điều bí mật ẩn sâu bên trong thứ đồ uống làm mê hoặc cả thế giới. Theo như công bố trên tạp chí Science...

STRs vs. SNPs – Đâu là tương lai cho giám định DNA trong pháp y

STRs vs. SNPs: thoughts on the future of forensic DNA testing Authors: John M. Butler, Michael D. Coble, Peter M. Vallone Tóm tắt: Những năm gần đây do những thành tựu công nghệ đem lại bởi các dự án Human Genome (Giải mã hệ gen người) và International HapMap (Xây...

Metavir 2: công cụ mới nhằm so sánh nhiều hệ gen virus và phân tích hệ gen virus đã được lắp ráp

Bối cảnh Metagenomic là phương pháp thích hợp giúp chúng ta có cái nhìn sâu hơn về cấu trúc và chức của các quần thể virus trong môi trường. Cùng với sự tiến bộ trong công nghệ giải trình tự, những thách thức mới nảy sinh cần phải phát triển...

Giải trình tự thế hệ mới phải bị loại bỏ (phần 1)

Tôi thực sự ghét thuật ngữ “giải trình tự thế hệ mới” (next-generation sequencing -NGS). Và đây là lý do vì sao…   Công bố đầu tiên trên thế giới sử dụng thuật ngữ này (theo như những gì tôi tìm) là từ một bài báo trên tạp chí Drug...