Bio.Phylo: Một bộ công cụ thống nhất để xử lý, phân tích và vẽ cây phát sinh loài trong Biopyhon

Tác giả:  Eric Talevich, Brandon M Invergo, Peter JA Cock, Brad A Chapman Bối cảnh: Những tiến bộ trong khoa học nghiên cứu tiến hóa và hệ thống phát sinh loài trong sinh học được hỗ trợ song hành cùng với sự phát triển của các công cụ phần mềm, định dạng dữ liệu,...

Phản ứng của hệ động học vi sinh vật đối với sự nhiễm khuẩn của vật chủ

Dynamics of the Microbiota in Response to Host Infection Author(s): Clara Belzer, Georg K. Gerber, Guus Roeselers, Mary Delaney, Andrea DuBois, Qing Liu, Vera Belavusava, Vladimir Yeliseyev, Andres Houseman, Andrew Onderdonk, Colleen Cavanaugh, Lynn Bry Tóm tắt: Các nghiên cứu về vi sinh vật theo dòng thời gian đóng vai trò quan...

Lựa chọn phân loài và chức năng cộng đồng vi sinh vật có mặt trong rễ đậu tương

Taxonomical and functional microbial community selection in soybean rhizosphere. Mendes LW1, Kuramae EE2, Navarrete AA1, van Veen JA3, Tsai SM4. Thí nghiệm này đề cập đến sự chọn lọc quần thể vi sinh vật trong vùng rễ của đậu tương có mặt phần lớn ở vùng đất trồng đậu tương...

Metavir: công cụ so sánh metagenome virus và phân tích lắp ráp virome

Metavir 2: new tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis Author: Simon Roux12, Jeremy Tournayre12, Antoine Mahul3, Didier Debroas12 and François Enault12* Bối cảnh: Metagenomic, cơ sở dựa trên giải trình tự các gen biểu hiện tính chất đặc trưng loài, đó là cách tốt nhất để có sự đánh giá sâu sắc...

MAKER2: công cụ chú thích và quản lý dữ liệu bộ gen dành cho dữ liệu giải trình tự thế hệ mới

MAKER2: an annotation pipeline and genome-database management tool for second-generation genome projects Tác giả: Carson Holt12 and Mark Yandell1* Công nghệ giải trình tự thế hệ thứ hai tạo ra những thay đổi lớn về loại gen được giải trình tự và cách thức chúng được chú giải. Đây là...

Phân tích hệ phiên mã rễ của nhân sâm mỹ qua các thời kỳ sinh trưởng khác nhau

The root transcriptome for North American ginseng assembled and profiled across seasonal development. Wu D1, Austin RS, Zhou S, Brown D Bối cảnh: Nhân sâm trong đó có sâm Mỹ (Panax quinquefolius L.) là một trong những dược liệu phổ biến trên thế giới. Từ ngàn đời nay con người...

DNAApp: ứng dụng di động phân tích dữ liệu giải trình tự

DNAApp: a mobile application for sequencing data analysis. Author: Nguyen PV, Verma CS và Gan SK  Tóm tắt: Đã có khá nhiều ứng dụng được phát triển để giải mã và hình ảnh hóa những file trình tự DNA ab1 trên nền tảng Window và MAC, nhưng chưa có một...

Sử dụng Galaxy để thực hiện phân tích dữ liệu trên quy mô lớn

Using Galaxy to Perform Large-Scale Interactive Data Analyses Author: Jennifer Hillman-Jackson, Dave Clements, Daniel Blankenberg, James Taylor, Anton Nekrutenko, and the Galaxy Team Tóm tắt: Những tiến bộ trong công nghệ nghiên cứu y sinh đã cung cấp một nguồn lớn dữ liệu genomic thông lượng cao cho việc phân tích thực nghiệm. Việc tạo ra...

ISMU: Công cụ khai phá SNP

Công cụ khai phá SNP: An intergrated SNP Mining and utilization (ISMU) ISMU chạy trên nền Java, cho giao diện trực quan, chạy thử nghiệm trên hệ điều hành Linux 64bit thiết kế dựa trên hệ thống CentOS 6. Phần mềm vẫn đang thử nghiệm trên hệ điều hành Windows,...

Tập hợp các công cụ mã nguồn mở để khai thác dữ liệu khối phổ

A collection of open source applications for mass spectrometry data mining. Gallardo O1, Ovelleiro D, Gay M, Carrascal M, Abian J. Chúng tôi sẽ trình bày một số ứng dụng tin sinh học để xác định và đánh giá thành phần phosphoproteome bằng khối phổ. Những công cụ được giới...